Tupac Inca døde omkring 1493 i Chincheros og efterlod sig to legitime sønner og 90 uægte sønner og døtre.Han blev efterfulgt af Huayna Capac I syd fortsatte Huayna Capac udvidelsen af ​​Inkariget ind i det nuværende Chile og Argentina og forsøgte at annektere territorier mod nord i det, der nu er Ecuador og det sydlige Colombia.Som Sapa Inca byggede han også astronomiske observatorier i Ecuador såsom Ingapirca.Wayna Qhapaq håbede på at etablere en nordlig højborg i byen Tumebamba, Ecuador, hvor Cañari-folket boede.Ruinerne af inkabyen Pumpu.Wayna Qhapaq plejede at bruge tid på at slappe af i den nærliggende Chinchay Cocha-sø, der var forbundet med byen via en flod.I Ecuador, tidligere kendt som Kongeriget Quito, absorberede Wayna Qhapaq Quito-forbundet i Inkariget efter at have giftet sig med Quito-dronningen Paccha Duchicela Shyris XVI for at standse en langvarig krig.Fra dette ægteskab blev Atawallpa født (1502 e.Kr.) i Caranqui, Ecuador.Wayna Qhapaq døde i 1524. Da Wayna vendte tilbage til Quito, havde han allerede fået feber, mens han førte kampagne i det nuværende Colombia (selvom nogle historikere bestrider dette), sandsynligvis som følge af indførelsen af ​​europæiske sygdomme som mæslinger eller kopper