I 1988 blev demokratiet genetableret i Pakistan med parlamentsvalg efter præsident Zia-ul-Haqs død.Disse valg førte til, at Pakistan Peoples Party (PPP) vendte tilbage til magten, hvor Benazir Bhutto blev Pakistans første kvindelige premierminister og den første kvindelige regeringschef i et land med muslimsk flertal.Denne periode, der varede indtil 1999, var præget af et konkurrencedygtigt topartisystem, med de centrum-højre-konservative ledet af Nawaz Sharif og centrum-venstre-socialisterne under Benazir Bhutto.I løbet af sin embedsperiode styrede Bhutto Pakistan gennem de sidste stadier af den kolde krig og fastholdt pro-vestlige politikker på grund af en fælles mistillid til kommunismen.Hendes regering var vidne til den sovjetiske troppers tilbagetrækning fra Afghanistan .Opdagelsen af ​​Pakistans atombombeprojekt førte dog til anstrengte forhold til USA og indførelse af økonomiske sanktioner.Bhuttos regering stod også over for udfordringer i Afghanistan, med en mislykket militær intervention, der førte til afskedigelse af direktører for efterretningstjenesten.På trods af bestræbelser på at revitalisere økonomien, herunder den syvende femårsplan, oplevede Pakistan stagflation, og Bhuttos regering blev til sidst afskediget af den konservative præsident Ghulam Ishaq Khan.