I 1958 sluttede Pakistans parlamentariske system med indførelse af krigsret.Offentlig desillusion med korruption i det civile bureaukrati og administration førte til støtte til general Ayub Khans handlinger.^[16] Militærregeringen foretog betydelige jordreformer og håndhævede Disqualification Order for Elektive Organer, der udelukkede HS Suhrawardy fra offentlige embeder.Khan introducerede "Basic Democracy", et nyt præsidentielt system, hvor et valgkollegium på 80.000 valgte præsidenten og promulgerede 1962-forfatningen.^[17] I 1960 vandt Ayub Khan folkelig opbakning i en national folkeafstemning, der gik fra et militær til en forfatningsmæssig civil regering.^[16]Væsentlig udvikling under Ayub Khans præsidentperiode omfattede flytning af hovedstadens infrastruktur fra Karachi til Islamabad.Denne æra, kendt som "det store årti", fejres for dets økonomiske udvikling og kulturelle skift, ^[18] inklusive fremkomsten af ​​popmusik-, film- og dramaindustrien.Ayub Khan lagde Pakistan på linje med USA og den vestlige verden og tilsluttede sig Central Treaty Organisation (CENTO) og Southeast Asia Treaty Organisation (SEATO).Den private sektor voksede, og landet gjorde fremskridt inden for uddannelse, menneskelig udvikling og videnskab, herunder lancering af et rumprogram og videreførelse af atomkraftprogrammet.^[18]U2 spionfly-hændelsen i 1960 afslørede imidlertid hemmelige amerikanske operationer fra Pakistan, hvilket kompromitterede den nationale sikkerhed.Samme år underskrev Pakistan Indus Waters-traktaten med Indien for at normalisere forholdet.^[19] Forholdet til Kina blev styrket, især efter den kinesisk-indiske krig, hvilket førte til en grænseaftale i 1963, der ændrede den kolde krigs dynamik.I 1964 undertrykte de pakistanske væbnede styrker et formodet pro-kommunistisk oprør i Vestpakistan, og i 1965 vandt Ayub Khan med kneben mod det kontroversielle præsidentvalg mod Fatima Jinnah.