Agha Mohammad Khan fokuserede efter at være kommet sejrrigt ud af borgerkrigen efter den sidste Zand-konges bortgang på at genforene og centralisere Iran.^[54] Efter Nader Shah og Zand-æraen havde Irans kaukasiske territorier dannet forskellige khanater.Agha Mohammad Khan havde til formål at genindlemme disse regioner i Iran og betragtede dem som lige så integrerede som ethvert fastlandsområde.Et af hans primære mål var Georgien, som han så som afgørende for iransk suverænitet.Han krævede, at den georgiske konge, Erekle II, gav afkald på sin traktat fra 1783 med Rusland og accepterede persisk overherredømme, hvilket Erekle II nægtede.Som svar lancerede Agha Mohammad Khan en militær kampagne, der med succes genoprettede iransk kontrol over forskellige kaukasiske territorier, herunder det moderne Armenien , Aserbajdsjan , Dagestan og Igdir.Han triumferede i slaget ved Krtsanisi, hvilket førte til erobringen af ​​Tbilisi og den effektive genunderkastelse af Georgien .^[55]I 1796, efter at have vendt tilbage fra sin succesrige kampagne i Georgien og transporteret tusindvis af georgiske fanger til Iran, blev Agha Mohammad Khan formelt kronet som Shah.Hans regeringstid blev afbrudt af attentat i 1797, mens han planlagde endnu en ekspedition mod Georgien.Efter hans død udnyttede Rusland den regionale ustabilitet.I 1799 gik russiske styrker ind i Tbilisi, og i 1801 havde de reelt annekteret Georgien.Denne udvidelse markerede begyndelsen på de russisk-persiske krige (1804-1813 og 1826-1828), hvilket førte til den endelige cession af det østlige Georgien, Dagestan, Armenien og Aserbajdsjan til Rusland, som fastsat i traktaterne fra Gulistan og Turkmenchay.Områderne nord for Aras-floden, herunder det nutidige Aserbajdsjan, det østlige Georgien, Dagestan og Armenien, forblev således en del af Iran indtil deres besættelse i det 19. århundrede af Rusland.^[56]Efter de russisk-persiske krige og det officielle tab af enorme territorier i Kaukasus skete der betydelige demografiske ændringer.Krigene 1804-1814 og 1826-1828 førte til store migrationer kendt som kaukasiske Muhajirs til fastlandet i Iran.Denne bevægelse omfattede forskellige etniske grupper som Ayrums, Qarapapaqs, Circassians, Shia Lezgins og andre transkaukasiske muslimer.^[57] Efter slaget ved Ganja i 1804 blev mange Ayrums og Qarapapaqs genbosat i Tabriz, Iran.Igennem 1804-1813-krigen, og senere under 1826-1828-konflikten, migrerede flere af disse grupper fra de nyligt erobrede russiske områder til Solduz i den nuværende Vestazerbajdsjan-provins, Iran.^[58] De russiske militæraktiviteter og regeringsspørgsmål i Kaukasus drev et stort antal muslimer og nogle georgiske kristne i eksil i Iran.^[59]Fra 1864 til begyndelsen af ​​det 20. århundrede skete yderligere fordrivelser og frivillige migrationer efter den russiske sejr i den kaukasiske krig.Dette førte til yderligere bevægelser af kaukasiske muslimer, herunder aserbajdsjanske, andre transkaukasiske muslimer og nordkaukasiske grupper som Circassians, Shia Lezgins og Laks, mod Iran og Tyrkiet.^[57] Mange af disse migranter spillede afgørende roller i Irans historie og udgjorde en væsentlig del af den persiske kosakbrigade, der blev etableret i slutningen af ​​det 19. århundrede.^[60]Turkmenchay-traktaten i 1828 lettede også genbosættelsen af ​​armeniere fra Iran til de nyligt russisk-kontrollerede områder.^[61] Historisk set var armeniere et flertal i det østlige Armenien, men blev en minoritet efter Timurs kampagner og efterfølgende islamisk dominans.^[62] Den russiske invasion af Iran ændrede yderligere den etniske sammensætning, hvilket førte til et armensk flertal i det østlige Armenien i 1832. Dette demografiske skift blev yderligere befæstet efter Krimkrigen og den russisk-tyrkiske krig 1877-1878.^[63]I denne periode oplevede Iran øget vestligt diplomatisk engagement under Fath Ali Shah.Hans barnebarn, Mohammad Shah Qajar, påvirket af Rusland, forsøgte uden held at fange Herat.Naser al-Din Shah Qajar, som efterfølger Mohammad Shah, var en mere succesrig hersker, der grundlagde Irans første moderne hospital.^[64]Den store persiske hungersnød 1870-1871 var en katastrofal begivenhed, der resulterede i cirka to millioner menneskers død.^[65] Denne periode markerede en væsentlig overgang i persisk historie, der førte til den persiske forfatningsrevolution mod shahen i slutningen af ​​det 19. og begyndelsen af ​​det 20. århundrede.På trods af udfordringer indrømmede shahen en begrænset forfatning i 1906, hvilket omdannede Persien til et konstitutionelt monarki og førte til indkaldelsen af ​​det første Majlis (parlamentet) den 7. oktober 1906.Opdagelsen af ​​olie i 1908 i Khuzestan af briterne intensiverede udenlandske interesser i Persien, især af det britiske imperium (relateret til William Knox D'Arcy og Anglo-Iranian Oil Company, nu BP).Denne periode var også præget af den geopolitiske rivalisering mellem Storbritannien og Rusland om Persien, kendt som The Great Game.Den anglo-russiske konvention af 1907 opdelte Persien i indflydelsessfærer, hvilket underminerede landets nationale suverænitet.Under Første Verdenskrig blev Persien besat af britiske, osmanniske og russiske styrker, men forblev stort set neutralt.Efter 1. verdenskrig og den russiske revolution forsøgte Storbritannien at etablere et protektorat over Persien, hvilket i sidste ende mislykkedes.Ustabiliteten i Persien, fremhævet af den konstitutionalistiske bevægelse i Gilan og Qajar-regeringens svækkelse, banede vejen for Reza Khans, senere Reza Shah Pahlavis opståen, og etableringen af ​​Pahlavi-dynastiet i 1925. Et afgørende militærkup i 1921 førte til af Reza Khan fra den persiske kosakbrigade og Seyyed Zia'eddin Tabatabai, var oprindeligt rettet mod at kontrollere regeringsembedsmænd i stedet for direkte at vælte Qajar-monarkiet.^[66] Reza Khans indflydelse voksede, og i 1925, efter at have tjent som premierminister, blev han den første shah af Pahlavi-dynastiet.