Grækerne holdt ud på Peloponnes indtil 1460, og venetianerne og genoveserne klyngede sig til nogle af øerne, men i begyndelsen af ​​det 16. århundrede var hele det græske fastland og de fleste af de ægæiske øer koloniseret af det osmanniske imperium , med undtagelse af flere havnebyer. holdt af venetianerne (Nafplio, Monemvasia, Parga og Methone de vigtigste af dem).Kykladerne, midt i Det Ægæiske Hav, blev officielt annekteret af osmannerne i 1579, selvom de var under vasalstatus siden 1530'erne.Cypern faldt i 1571, og venetianerne beholdt Kreta indtil 1669. De Ioniske øer blev aldrig styret af osmannerne, med undtagelse af Kefalonia (fra 1479 til 1481 og fra 1485 til 1500), og forblev under republikken Venedigs styre .Det var på De Ioniske Øer, hvor det moderne græske statskab blev født, med oprettelsen af ​​Republikken De Syv Øer i 1800.Det osmanniske Grækenland var et multietnisk samfund.Den moderne vestlige forestilling om multikulturalisme anses dog for at være uforenelig med det osmanniske system, selvom det ved første øjekast ser ud til at svare til systemet med hirse.Grækerne fik på den ene hånd nogle privilegier og frihed;med den anden blev de udsat for et tyranni, der stammede fra dets administrative personales uredelighed, som centralregeringen kun havde fjern og ufuldstændig kontrol over.Da osmannerne ankom, fandt to græske migrationer sted.Den første migration medførte, at den græske intelligentsia migrerede til Vesteuropa og påvirkede renæssancens fremkomst.Den anden migration medførte, at grækere forlod sletterne på den græske halvø og genbosatte sig i bjergene.Hirsesystemet bidrog til ortodokse grækeres etniske sammenhængskraft ved at adskille de forskellige folkeslag inden for Det Osmanniske Rige baseret på religion.De grækere, der boede på sletterne under det osmanniske styre, var enten kristne, der tog sig af byrderne fra fremmed styre, eller kryptokristne (græske muslimer, der var hemmelige udøvere af den græsk-ortodokse tro).Nogle grækere blev krypto-kristne for at undgå høje skatter og samtidig udtrykke deres identitet ved at bevare deres bånd til den græsk-ortodokse kirke.Imidlertid blev grækere, der konverterede til islam og ikke var kryptokristne, betragtet som "tyrkere" (muslimer) i ortodokse grækeres øjne, selvom de ikke adopterede det tyrkiske sprog.Osmannerne regerede det meste af Grækenland indtil begyndelsen af ​​det 19. århundrede.Den første selvstyrende, siden middelalderen, hellenske stat blev etableret under de franske uafhængighedskrige, i 1800, 21 år før udbruddet af den græske revolution på det græske fastland.Det var Septinsular Republic med Korfu som hovedstad.