Præsident Lincoln var skuffet over McClellans præstation.Han mente, at McClellans alt for forsigtige og dårligt koordinerede handlinger i feltet havde tvunget kampen til uafgjort snarere end et lammende konfødereret nederlag.Præsidenten var endnu mere forbløffet over, at McClellan fra den 17. september til den 26. oktober, trods gentagne bønner fra krigsministeriet og præsidenten selv, afviste at forfølge Lee på tværs af Potomac, med henvisning til mangel på udstyr og frygten for at overudvide sine styrker.General-in-chief Henry W. Halleck skrev i sin officielle rapport: "Den lange inaktivitet af en så stor hær over for en besejret fjende og under den mest gunstige sæson for hurtige bevægelser og en kraftig kampagne, var et spørgsmål om stor skuffelse og beklagelse."Lincoln fritog McClellan fra sin kommando over Army of the Potomac den 5. november, hvilket reelt afsluttede generalens militære karriere.Han blev erstattet den 9. november af general Burnside.Resultaterne af Antietam gav også præsident Lincoln mulighed for at udstede den foreløbige frigørelsesproklamation den 22. september, som gav konfødererede stater indtil 1. januar 1863 til at afslutte deres oprør eller miste deres slaver.Selvom Lincoln havde tænkt sig at gøre det tidligere, rådede udenrigsminister William H. Seward ham på et kabinetsmøde til at vente, indtil Unionen vandt en betydelig sejr for at undgå den opfattelse, at den var udstedt af desperation.Unionens sejr og Lincolns proklamation spillede en betydelig rolle i at afholde Frankrigs og Storbritanniens regeringer fra at anerkende konføderationen;nogle havde mistanke om, at de planlagde at gøre det i kølvandet på endnu et EU-nederlag.Da frigørelsen var forbundet med krigens fremskridt, havde ingen af ​​regeringerne den politiske vilje til at modsætte sig USA, da den kædede støtte fra konføderationen sammen med støtte til slaveri.Begge lande havde allerede afskaffet slaveriet, og offentligheden ville ikke have tolereret, at regeringen militært støtter en suverænitet, der opretholder slaveriets idealer.