V letech 1241–1242 utrpělo království velkou ránu v důsledku mongolské invaze do Evropy.Poté, co bylo Maďarsko v roce 1241 napadeno Mongoly, byla maďarská armáda katastrofálně poražena v bitvě u Mohi.Král Béla IV uprchl z bojiště a poté ze země poté, co ho Mongolové pronásledovali až k jejím hranicím.Než Mongolové ustoupili, velká část obyvatelstva (20–50 %) zemřela.^[22] V rovinách bylo zničeno 50 až 80 % osad.^[23] Útoku mohly odolat pouze hrady, silně opevněná města a opatství, protože Mongolové neměli čas na dlouhé obléhání – jejich cílem bylo co nejdříve se přesunout na západ.Obléhací stroje ačínští a perští inženýři, kteří je obsluhovali pro Mongoly, byly ponechány v dobytých zemích Kyjevské Rusi.^[24] Devastace způsobená mongolskými nájezdy později vedla k pozvání osadníků z jiných částí Evropy, zejména z Německa.Během tažení Mongolů proti Kyjevské Rusi bylo asi 40 000 Kumánů , členů kočovného kmene pohanských Kipčaků, zahnáno na západ od Karpat.^[25] Tam Kumáni požádali krále Bélu IV o ochranu.^[26] Íránský lid Jassic přišel do Maďarska spolu s Kumánci poté, co byli poraženi Mongoly.Kumáni tvořili ve druhé polovině 13. století snad až 7–8 % populace Maďarska.^[27] Během staletí byli plně asimilováni do maďarského obyvatelstva a jejich jazyk zmizel, ale svou identitu a regionální autonomii si zachovali až do roku 1876. ^[28]V důsledku mongolských invazí nařídil král Béla stavbu stovek kamenných hradů a opevnění, které měly pomoci bránit se případné druhé mongolské invazi.Mongolové se skutečně vrátili do Uher v roce 1286, ale zastavily je nově postavené systémy kamenných hradů a nová vojenská taktika zahrnující vyšší podíl těžce ozbrojených rytířů.Invazní mongolská síla byla u Pešti poražena královskou armádou krále Ladislava IV.Pozdější invaze byly také obratně odraženy.Hrady postavené Bélou IV se ukázaly být velmi užitečné v pozdější době v dlouhém boji proti Osmanské říši .Náklady na jejich stavbu však zadlužily uherského krále u velkých feudálních pánů, takže královská moc, kterou Béla IV. získal zpět po výrazném oslabení jeho otce Ondřeje II., byla opět rozptýlena mezi nižší šlechtu.