Když Histiaeus slyšel o pádu Milétu, zdá se, že se jmenoval vůdcem odporu proti Persii .Vyrazil z Byzance se svou silou lesbiček a odplul na Chios.Chiani ho odmítli přijmout, a tak zaútočil a zničil zbytky chianské flotily.Chiané, zmrzačení dvěma porážkami na moři, se pak podvolili Histiaeovu vedení.Histiaeus nyní shromáždil velkou sílu Iónských a Liparských a šel obléhat Thasos.Poté však dostal zprávu, že z Milétu vyráží perská flotila, aby zaútočila na zbytek Ionie, a tak se rychle vrátil na Lesbos.Aby nakrmil svou armádu, vedl výpravy za potravou na pevninu poblíž Atarneus a Myus.V oblasti se nacházela velká perská síla pod velením Harpaga a nakonec zadržela jednu sháněcí výpravu poblíž Malene.Následná bitva byla tvrdě vybojována, ale byla ukončena úspěšným útokem perské jízdy, který směroval řeckou linii.Sám Histiaeus se vzdal Peršanům v domnění, že se mu podaří promluvit si o milost od Daria.Místo toho byl však odvezen k Artafernovi, který si plně vědom Histiaeovy minulé zrady, nabodl ho na kůl a poté poslal jeho nabalzamovanou hlavu Dariovi.Perské loďstvo a armáda přezimovaly v Milétu, než se v roce 493 př. n. l. vydaly konečně uhasit poslední uhlíky vzpoury.Zaútočili a dobyli ostrovy Chios, Lesbos a Tenedos.Na každém vytvořili „lidskou síť“ vojáků a přehnali se přes celý ostrov, aby spláchli všechny skrývající se rebely.Poté se přesunuli na pevninu a dobyli každé ze zbývajících měst Ionie a podobně hledali zbývající rebely.I když byla města Ionie v důsledku nepochybně otřesena, žádné z nich, jak se zdá, nepostihlo takový osud jako Miletus.Hérodotos říká, že Peršané si z každého města vybrali ty nejhezčí chlapce a vykastrovali je, vybrali si nejkrásnější dívky a poslali je pryč do královského harému a pak vypálili chrámy měst.I když je to možná pravda, Herodotos také pravděpodobně zveličuje rozsah devastace. Během několika let se města víceméně vrátila do normálu a byla schopna vybavit velkou flotilu pro druhou perskou invazi do Řecka, pouhých 13 let. let později.Perská armáda poté znovu dobyla osady na asijské straně Propontis, zatímco perská flotila se plavila po evropském pobřeží Hellespontu a postupně obsadila každou osadu.Poté, co se celá Malá Asie pevně vrátila pod perskou nadvládu, byla vzpoura konečně u konce.