По това време той изпраща писмо до папа Инокентий III, призовавайки го да изпрати пратеник в България .Той искал да убеди папата да признае властта му в България.Инокентий охотно влиза в кореспонденция с Калоян, тъй като обединението на християнските деноминации под негова власт е една от основните му цели.Пратеникът на Инокентий III пристига в България в края на декември 1199 г., донасяйки писмо от папата до Калоян.Инокентий заявява, че е бил информиран, че предците на Калоян са дошли "от град Рим".Отговорът на Калоян, написан на старославянски, не е запазен, но съдържанието му може да бъде реконструирано въз основа на по-късната му кореспонденция със Светия престол.Калоян нарича себе си „цар на българите и власите“ и твърди, че е законен наследник на владетелите на Първото българско царство .Той иска императорска корона от папата и изразява желанието си да постави Българската православна църква под юрисдикцията на папата.Според писмото на Калоян до папата, Алексий III също е склонен да му изпрати императорска корона и да признае автокефалния (или автономен) статут на българската църква.