Избухването на войната в Тихия океан през декември 1941 г. намира британците в Малая напълно неподготвени.През 30-те години на миналия век, очаквайки нарастващата заплаха от японската морска мощ, те са построили голяма военноморска база в Сингапур , но никога не са очаквали нахлуване в Малая от север.На практика нямаше британски въздушен капацитет в Далечния изток.По този начиняпонците успяха да атакуват от своите бази във френски Индо-Китай безнаказано и въпреки съпротивата на британските, австралийските ииндийските сили, те превзеха Малая за два месеца.Сингапур, без сухопътна защита, въздушно прикритие и водоснабдяване, е принуден да се предаде през февруари 1942 г. Британските Северно Борнео и Бруней също са окупирани.Японското колониално правителство гледа на малайците от пан-азиатска гледна точка и насърчава ограничена форма на малайски национализъм.Малайският националист Кесатуан Мелаю Муда, привърженик на Мелаю Рая, си сътрудничи с японците, въз основа на разбирането, че Япония ще обедини Холандската Източна Индия, Малая и Борнео и ще им даде независимост.^[80] Окупаторите обаче гледаха накитайците като на вражески извънземни и се отнасяха с тях с голяма грубост: по време на така наречения sook ching (пречистване чрез страдание) до 80 000 китайци в Малая и Сингапур бяха убити.Китайците, водени от Малайската комунистическа партия (MCP), станаха гръбнакът на Малайската народна антияпонска армия (MPAJA).С британска помощ MPAJA се превърна в най-ефективната съпротивителна сила в окупираните азиатски страни.Въпреки че японците твърдяха, че подкрепят малайския национализъм, те обидиха малайския национализъм, като позволиха на техния съюзник Тайланд да анексира отново четирите северни щата, Кедах, Перлис, Келантан и Теренгану, които бяха прехвърлени към Британска Малая през 1909 г. Загубата на Малайски експортните пазари скоро доведоха до масова безработица, която засегна всички раси и направи японците все по-непопулярни.^[81]