По време на византийския период (започвайки от 390 г. сл. н. е.) регионът, който преди е бил част от Римската империя, става доминиран от християнството под византийско управление. Тази промяна се ускорява от притока на християнски поклонници и изграждането на църкви на библейски места.^[123] Монасите също играят роля в обръщането на местните езичници, като създават манастири близо до техните селища.^[124]Еврейската общност в Палестина е изправена пред упадък, губейки статута си на мнозинство до четвърти век.^[125] Ограниченията за евреите се увеличават, включително забрани за изграждане на нови места за поклонение, заемане на обществени длъжности и притежаване на християнски роби.^[126] Еврейското ръководство, включително службата на Наси и Синедриона, е разпуснато през 425 г., като еврейският център във Вавилония се издига до известност след това.^[123]През 5-ти и 6-ти век се наблюдават въстания на самаряните срещу византийското владичество, които са потушени, намалявайки влиянието на самаряните и засилвайки християнското господство.^[127] Записите за обръщане към християнството на евреи и самаряни през този период са ограничени и се отнасят най-вече за отделни лица, отколкото за общности.^[128]През 611 г. Хосров II от Сасанидска Персия , подпомогнат от еврейските сили, нахлува и превзема Йерусалим.^[129] Залавянето включва изземването на „Истинския кръст“.Неемия бен Хушиел е назначен за управител на Йерусалим.През 628 г., след мирен договор с византийците, Кавад II връща Палестина и Истинския кръст на византийците.Това доведе до клане на евреи в Галилея и Йерусалим от Ираклий , който също така поднови забраната за влизане на евреи в Йерусалим.^[130]