Дынастыя Хоразміяў, заснаваная ў Іране, праіснавала толькі да мангольскага нашэсця пад кіраўніцтвам Чынгісхана .Да 1218 г. Мангольская імперыя, якая хутка пашыралася, межавала з тэрыторыяй Харазмія.Ала ад-Дын Мухамад, харазмійскі кіраўнік, пашырыў сваё царства на большай частцы Ірана і абвясціў сябе шахам, дамагаючыся прызнання ад абасідскага халіфа Ан-Насіра, у чым было адмоўлена.Мангольскае ўварванне ў Іран пачалося ў 1219 годзе пасля таго, як яго дыпламатычныя місіі ў Харэзме былі забіты.Уварванне было жорсткім і ўсёабдымным;буйныя гарады, такія як Бухара, Самарканд, Герат, Тус і Нішапур, былі разбураны, а іх насельніцтва было знішчана.Ала ад-Дын Мухамад бег і ў выніку памёр на востраве ў Каспійскім моры.Падчас гэтага ўварвання манголы выкарыстоўвалі перадавыя ваенныя метады, у тым ліку выкарыстанне кітайскіх катапульт і, магчыма, парахавых бомбаў.Кітайскія салдаты, дасведчаныя ў тэхніцы вырабу пораху, уваходзілі ў склад мангольскай арміі.Мяркуецца, што мангольскае заваяванне прынесла ў Цэнтральную Азію кітайскую парахавую зброю, у тым ліку хуочун (мінамёт).У наступнай мясцовай літаратуры апісвалася парахавая зброя, падобная да той, што выкарыстоўвалася ўКітаі .Мангольскае ўварванне, якое завяршылася смерцю Чынгісхана ў 1227 годзе, было разбуральным для Ірана.Гэта прывяло да значных разбурэнняў, у тым ліку да рабавання гарадоў у заходнім Азербайджане .Манголы, нягледзячы на ​​тое, што пазней прынялі іслам і асіміляваліся з іранскай культурай, нанеслі непапраўную шкоду.Яны знішчылі шматвяковую ісламскую навуку, культуру і інфраструктуру, зруйнаваўшы гарады, спальваючы бібліятэкі і замяняючы мячэці будысцкімі храмамі ў некаторых раёнах.^[38]Уварванне таксама аказала катастрафічны ўплыў на грамадзянскае жыццё Ірана і інфраструктуру краіны.Знішчэнне ірыгацыйных сістэм Канат, асабліва на паўночным усходзе Ірана, парушыла структуру паселішчаў, што прывяло да запусцення многіх некалі квітнеючых сельскагаспадарчых гарадоў.^[39]Пасля смерці Чынгісхана Іранам кіравалі розныя мангольскія камандзіры.Хулагу-хан, унук Чынгісара, адказваў за далейшае пашырэнне мангольскай улады на захад.Аднак да яго часу Мангольская імперыя распалася на розныя фракцыі.Хулагу заснаваў Ільханат у Іране, дзяржаве, якая адкалолася ад Мангольскай імперыі, якая кіравала васьмідзесяці гадоў і ўсё больш персідзізавалася.У 1258 годзе Хулагу захапіў Багдад і пакараў смерцю апошняга абасідскага халіфа.Яго пашырэнне было спынена ў бітве пры Айн-Джалуце ў Палестыне ў 1260 годзе мамелюкамі.Акрамя таго, паходы Хулагу супраць мусульман выклікалі канфлікт з Берке, мусульманскім ханам Залатой Арды , што падкрэсліла распад мангольскага адзінства.Пры Газане (1295–1304), праўнуку Хулагу, іслам быў усталяваны ў якасці дзяржаўнай рэлігіі Ільханата.Газан разам са сваім іранскім візірам Рашыдам ад-Дзінам ініцыяваў эканамічнае адраджэнне Ірана.Яны знізілі падаткі для рамеснікаў, спрыялі сельскай гаспадарцы, аднавілі ірыгацыйныя работы і ўзмацнілі ахову гандлёвых шляхоў, што прывяло да ўсплёску гандлю.Гэтыя падзеі садзейнічалі культурным абменам па ўсёй Азіі, узбагачаючы іранскую культуру.Прыкметным вынікам стала з'яўленне новага стылю іранскага жывапісу, які спалучае ў сабе элементы мастацтва Месапатаміі і Кітая.Аднак пасля смерці пляменніка Газана Абу Саіда ў 1335 годзе Ільханат пагрузіўся ў грамадзянскую вайну і распаўся на некалькі меншых дынастый, у тым ліку Джалаірыдаў, Музафарыдаў, Сарбадараў і Картыдаў.XIV стагоддзе таксама стала сведкам разбуральнага ўздзеяння Чорнай смерці, у выніку якой загінула каля 30% насельніцтва Ірана.^[40]