1941-ci ilin dekabrında Sakit okeanda müharibənin başlaması ingilisləri Malayada tamamilə hazırlıqsız tapdı.1930-cu illərdə Yapon dəniz gücünün artan təhlükəsini gözləyərək, onlar Sinqapurda böyük dəniz bazası qurmuşdular, lakin heç vaxt şimaldan Malayaya hücumu gözləmirdilər.İngiltərənin Uzaq Şərqdə hava tutumu demək olar ki, yox idi.Beləliklə,yaponlar Fransız Hind-Çinindəki bazalarından cəzasız olaraq hücum edə bildilər və İngilis, Avstraliya vəHindistan qüvvələrinin müqavimətinə baxmayaraq, iki ay ərzində Malayanı zəbt etdilər.Quru müdafiəsi, hava örtüyü və su təchizatı olmayan Sinqapur 1942-ci ilin fevralında təslim olmaq məcburiyyətində qaldı. İngilis Şimali Borneo və Bruney də işğal edildi.Yapon müstəmləkə hökuməti malaylara pan-Asiya nöqteyi-nəzərindən baxdı və malay millətçiliyinin məhdud bir formasını inkişaf etdirdi.Melayu Rayanın müdafiəçiləri olan Malay millətçisi Kesatuan Melayu Muda, Yaponiyanın Hollandiya Şərqi Hindistanı, Malaya və Borneonu birləşdirərək onlara müstəqillik verəcəyi anlayışına əsaslanaraq yaponlar ilə əməkdaşlıq etdi.^[80] İşğalçılarçinlilərə düşmən yadplanetliləri kimi baxırdılar və onlara qarşı çox sərt davranırdılar: sook çinq (əzab yolu ilə təmizlənmə) zamanı Malaya və Sinqapurda 80.000-ə qədər çinli öldürüldü.Malayya Kommunist Partiyasının (MCP) rəhbərlik etdiyi çinlilər Malayya Xalqlarının Yapon Əleyhinə Ordusunun (MPAJA) onurğa sütununa çevrildilər.İngiltərənin köməyi ilə MPAJA işğal olunmuş Asiya ölkələrində ən təsirli müqavimət gücünə çevrildi.Yaponlar Malay millətçiliyini dəstəklədiklərini iddia etsələr də, müttəfiqləri Taylandın 1909-cu ildə Britaniya Malayasına köçürülmüş dörd şimal ştatını, Kedah, Perlis, Kelantan və Terenqqanunu yenidən ilhaq etməsinə icazə verməklə Malay millətçiliyini təhqir etdilər. ixrac bazarları tezliklə bütün irqlərə təsir edən və yaponları getdikcə populyar olmayan kütləvi işsizlik yaratdı.^[81]