በ21ኛው ክፍለ ዘመን መጀመሪያ ላይ ሲንጋፖር በርካታ ጉልህ ፈተናዎችን ገጥሟታል፣ በተለይም በ2003 የ SARS ወረርሽኝ እና እየጨመረ የመጣውን የሽብርተኝነት ስጋት።እ.ኤ.አ. በ 2001 በኤምባሲዎች እና ቁልፍ መሰረተ ልማቶች ላይ ያነጣጠረ አስደንጋጭ ሴራ በመክሸፉ 15 የጀማህ እስላም አባላት በቁጥጥር ስር ውለዋል።ይህ ክስተት ለይቶ ለማወቅ፣ ለመከላከል እና ጉዳትን ለመከላከል ያተኮሩ አጠቃላይ የፀረ-ሽብርተኝነት እርምጃዎችን እንዲጀምር አነሳሳ።በተመሳሳይ የሀገሪቱ ኢኮኖሚ በአንጻራዊ ሁኔታ የተረጋጋ ሲሆን እ.ኤ.አ. በ2003 አማካይ ወርሃዊ ገቢ በኤስጂዲ $4,870 ሪፖርት ተደርጓል።እ.ኤ.አ. በ 2004 የሊ ኩዋን ዪው የበኩር ልጅ ሊ Hsien Loong ወደ የሲንጋፖር ሶስተኛው ጠቅላይ ሚኒስትርነት ቦታ ወጣ።በእርሳቸው አመራር በርካታ የለውጥ አገራዊ ፖሊሲዎች ቀርበው ተግባራዊ ሆነዋል።በ2005 የብሔራዊ አገልግሎት ሥልጠና ጊዜ ከሁለት ዓመት ተኩል ወደ ሁለት አሳጠረ።መንግሥትም ከሕግ ማዕቀፎች እስከ ማኅበረሰብ ጉዳዮች ድረስ የዜጎችን አስተያየት በንቃት በመፈለግ የ“Cutting Red Tape” መርሃ ግብር ተጀመረ።እ.ኤ.አ. በ2006 የተካሄደው አጠቃላይ ምርጫ በሲንጋፖር የፖለቲካ ምኅዳር ውስጥ ትልቅ ለውጥ ያስመዘገበው በዋነኛነት በበይነ መረብ እና በብሎግ ታይቶ በማይታወቅ ተጽእኖ በመንግስት ቁጥጥር ሳይደረግ ቆይቷል።ከምርጫው ጥቂት ቀደም ብሎ በወሰደው ስልታዊ እርምጃ፣ መንግስት ለሁሉም ጎልማሳ ዜጎች የ"ሂደት ፓኬጅ" የገንዘብ ቦነስ አከፋፈለ፣ በድምሩ SGD 2.6 ቢሊዮን ዶላር።በተቃዋሚ ሰልፎች ላይ ብዙ የተገኘ ቢሆንም ገዥው ፓርቲ ህዝባዊ እርምጃ ፓርቲ (PAP) ከ84ቱ ወንበሮች 82ቱን በመረከብ 66 በመቶ ድምጽ በማግኘት ምሽጉን እንደቀጠለ ነው።የሲንጋፖር ከነጻነት በኋላ ከማሌዢያ ጋር የነበራት ግንኙነት ውስብስብ ነበር፣ ብዙ ጊዜ በተፈጠረ አለመግባባቶች ተለይቶ የሚታወቅ ቢሆንም በጋራ መደጋገፍ።እንደ ASEAN አባላት ሁለቱም ሀገራት የጋራ ክልላዊ ጥቅሞቻቸውን ይገነዘባሉ።ይህ የእርስ በርስ ጥገኝነት በሲንጋፖር በማሌዢያ ላይ ያለው ጥገኝነት ጉልህ በሆነ የውሃ አቅርቦት ላይ ጎልቶ ይታያል።ሁለቱም አገሮች ከነጻነት በኋላ ባላቸው የተለያዩ አቅጣጫዎች የተነሳ አልፎ አልፎ በቃላት መራቆት ሲሳተፉ፣ ደግነቱ ግን ከከባድ ግጭቶችና ግጭቶች ነፃ ወጥተዋል።