1598 年 1 月 7 日，无子嗣的费奥多去世，以及费奥多弟弟迪米特里被暗杀的传言，导致鲍里斯上台。他的当选是由莫斯科宗主教乔布提议的，他相信鲍里斯是一个有能力应对当前局势困难的人。然而，鲍里斯只会从国民议会（Zemsky Sobor）手中接受王位，国民议会于 2 月 17 日召开会议，并于 2 月 21 日一致选举他为鲍里斯。9月1日，他被庄严加冕为沙皇。他认识到俄罗斯需要赶上西方的知识进步，并尽最大努力实现教育和社会改革。他是第一个大规模引进外籍教师的沙皇，第一个将俄罗斯年轻人送到国外接受教育的沙皇，第一个允许在俄罗斯建立路德教教堂的沙皇。