当卡尼率领部队前往加利福尼亚州时，他让斯特林·普莱斯上校指挥驻新墨西哥州的美军。他任命查尔斯·本特为新墨西哥州第一任州长。比每天令人恼火的侮辱更重要的问题是，许多新墨西哥公民担心他们由墨西哥政府颁发的土地所有权不会得到美国的承认。他们担心美国的同情者会以牺牲他们的利益为代价而发财。卡尼离开后，圣达菲的持不同政见者策划了一场圣诞起义。当这些计划被美国当局发现后，持不同政见者推迟了起义。他们吸引了许多美洲原住民盟友，包括普韦布洛人，他们也想将美国人赶出该领土。临时总督查尔斯·本特和其他几名美国人被叛军杀害。在两次短暂的战役中，美国军队和民兵镇压了西班牙人和普韦布洛人民的叛乱。新墨西哥人为了寻求更好的代表权，重新集结并进行了三场交战，但在被击败后，他们放弃了公开战争。新墨西哥人对美国占领军的仇恨，加上陶斯居民经常反抗其他地方强加给他们的权威，是这次叛乱的原因。起义结束后，美国人处决了至少 28 名叛乱分子。1850 年的《瓜达卢佩·伊达尔戈条约》保障了新墨西哥州西班牙裔和美洲印第安人居民的财产权。