占领首都后，墨西哥政府迁往克雷塔罗临时首都。在墨西哥城，美军成为占领军，并受到城市居民的秘密攻击。传统战争被墨西哥人保卫家园的游击战所取代。它们给美国陆军造成了重大伤亡，特别是那些跟不上步伐的士兵。斯科特将军派出了大约四分之一的兵力，以确保雷阿将军轻装部队和其他墨西哥游击队自五月以来进行的秘密袭击与韦拉克鲁斯之间的交通线安全。墨西哥游击队经常对美军尸体进行酷刑和肢解，以示报复和警告。美国人将这些行为解读为墨西哥人对自己祖国的保卫，而不是墨西哥人作为劣等种族的残暴行为的证据。就美国士兵而言，他们对墨西哥人的袭击进行了报复，无论他们个人是否涉嫌游击活动。斯科特认为游击队袭击违反了“战争法”，并威胁到似乎庇护游击队的民众的财产。被俘的游击队员将被枪决，包括无助的囚犯，理由是墨西哥人也这样做了。历史学家彼得·瓜迪诺认为，美国陆军指挥部参与了针对墨西哥平民的袭击。通过烧毁整个村庄、抢劫和强奸妇女来威胁平民的房屋、财产和家庭，美国陆军将游击队与其基地分开。“游击队让美国人付出了沉重的代价，但间接地让墨西哥平民付出了更多的代价。”斯科特加强了普埃布拉的驻军，到11月，在哈拉帕增加了一支1,200人的驻军，沿着韦拉克鲁斯港和首都之间的主要路线，在墨西哥城和普埃布拉之间的里奥弗里奥山口建立了750人的哨所，佩罗特和圣胡安位于哈拉帕和普埃布拉之间的道路上，以及哈拉帕和韦拉克鲁斯之间的国家桥上。他还组建了莱恩领导的反游击旅，负责将战争带向轻军团和其他游击队。他命令车队出行时至少有 1,300 人护卫。莱恩在阿特利斯科（1847 年 10 月 18 日）、伊苏卡尔·德·马塔莫罗斯（1847 年 11 月 23 日）和加拉萨拉山口（1847 年 11 月 24 日）对轻装军团的胜利削弱了雷亚将军的军队。后来，1848 年 2 月 25 日，在萨夸尔蒂潘 (Zacualtipan) 对贾劳塔神父 (Padre Jarauta) 游击队的袭击进一步减少了游击队对美国交通线的袭击。1848 年 3 月 6 日，两国政府达成休战协议以等待和平条约的批准后，正式的敌对行动停止了。然而，一些乐队继续反抗墨西哥政府，直到八月份美国陆军撤离为止。有些人被墨西哥军队镇压，或者像贾劳塔神父一样被处决。