Sau cái chết của Feodor không có con vào ngày 7 tháng 1 năm 1598, cũng như vụ ám sát Dimitry, em trai nhiều tuổi của Feodor, đã khiến Boris lên nắm quyền.Cuộc bầu cử của ông được đề xuất bởi Thượng phụ Job của Moscow, người tin rằng Boris là người duy nhất có khả năng đương đầu với những khó khăn của hoàn cảnh.Tuy nhiên, Boris sẽ chỉ chấp nhận ngai vàng từ Zemsky Sobor (quốc hội), họp vào ngày 17 tháng 2 và nhất trí bầu ông vào ngày 21 tháng 2.Vào ngày 1 tháng 9, ông được long trọng đăng quang làm sa hoàng.Ông nhận ra sự cần thiết của Nga để bắt kịp với sự tiến bộ trí tuệ của phương Tây và đã làm hết sức mình để mang lại những cải cách về giáo dục và xã hội.Ông là sa hoàng đầu tiên nhập khẩu giáo viên nước ngoài trên quy mô lớn, là người đầu tiên gửi thanh niên Nga ra nước ngoài để được giáo dục và là người đầu tiên cho phép xây dựng các nhà thờ Lutheran ở Nga.