Nhiệm kỳ tổng thống của Pervez Musharraf từ năm 1999 đến năm 2007 đánh dấu lần đầu tiên các lực lượng tự do nắm giữ quyền lực đáng kể ở Pakistan.Các sáng kiến ​​tự do hóa kinh tế, tư nhân hóa và tự do báo chí đã được đưa ra, với việc giám đốc điều hành Citibank Shaukat Aziz nắm quyền kiểm soát nền kinh tế.Chính phủ của Musharraf đã ân xá cho các nhân viên chính trị thuộc các đảng tự do, loại bỏ những người bảo thủ và cánh tả.Musharraf đã mở rộng đáng kể các phương tiện truyền thông tư nhân, nhằm chống lại ảnh hưởng văn hóa của Ấn Độ.Tòa án Tối cao ra lệnh tổng tuyển cử vào tháng 10 năm 2002, và Musharraf tán thành việc Mỹ xâm lược Afghanistan vào năm 2001. Căng thẳng với Ấn Độ về vấn đề Kashmir đã dẫn đến bế tắc quân sự vào năm 2002.Cuộc trưng cầu dân ý năm 2002 của Musharraf, được coi là gây tranh cãi, đã kéo dài nhiệm kỳ tổng thống của ông.Cuộc tổng tuyển cử năm 2002 chứng kiến ​​những người theo chủ nghĩa tự do và trung dung giành được đa số phiếu, thành lập một chính phủ với sự hậu thuẫn của Musharraf.Bản sửa đổi thứ 17 của Hiến pháp Pakistan đã hợp pháp hóa các hành động của Musharraf và kéo dài thời gian làm tổng thống của ông.Shaukat Aziz trở thành Thủ tướng năm 2004, tập trung vào tăng trưởng kinh tế nhưng vấp phải sự phản đối cải cách xã hội.Musharraf và Aziz sống sót sau nhiều vụ ám sát có liên quan đến al-Qaeda.Trên bình diện quốc tế, những cáo buộc về phổ biến hạt nhân đã làm hoen ố uy tín của họ.Những thách thức trong nước bao gồm xung đột ở các khu vực bộ lạc và thỏa thuận ngừng bắn với Taliban năm 2006, mặc dù bạo lực giáo phái vẫn tiếp diễn.