Năm 1999, Pakistan trải qua cuộc đảo chính quân sự không đổ máu do Tướng Pervez Musharraf và các nhân viên quân sự tại Bộ Tham mưu Liên quân lãnh đạo.Vào ngày 12 tháng 10, họ giành quyền kiểm soát từ chính phủ dân sự của Thủ tướng Nawaz Sharif.Hai ngày sau, Musharraf, với tư cách là Giám đốc điều hành, đã đình chỉ Hiến pháp Pakistan một cách gây tranh cãi.Cuộc đảo chính được thúc đẩy bởi căng thẳng leo thang giữa chính quyền của Sharif và quân đội, đặc biệt là với Tướng Musharraf.Nỗ lực của Sharif nhằm thay thế Musharraf bằng Trung tướng Ziauddin Butt làm tư lệnh quân đội đã vấp phải sự phản kháng của các quan chức quân sự cấp cao và dẫn đến việc Butt bị giam giữ.Cuộc đảo chính được thực hiện nhanh chóng.Trong vòng 17 giờ, các chỉ huy quân sự đã chiếm giữ các cơ quan quan trọng của chính phủ, quản thúc Sharif và chính quyền của ông, bao gồm cả anh trai ông, tại gia.Quân đội cũng nắm quyền kiểm soát cơ sở hạ tầng thông tin liên lạc quan trọng.Tòa án Tối cao Pakistan, do Chánh án Irshad Hassan Khan đứng đầu, đã xác nhận thiết quân luật theo "học thuyết cần thiết" nhưng giới hạn thời hạn của nó là ba năm.Sharif đã bị xét xử và kết án vì gây nguy hiểm đến tính mạng trên chiếc máy bay chở Musharraf, một quyết định gây ra tranh cãi.Vào tháng 12 năm 2000, Musharraf bất ngờ ân xá cho Sharif, người sau đó bay tới Ả Rập Saudi.Năm 2001, Musharraf trở thành Tổng thống sau khi buộc Tổng thống Rafiq Tarar phải từ chức.Một cuộc trưng cầu dân ý toàn quốc vào tháng 4 năm 2002, bị nhiều người chỉ trích là gian lận, đã mở rộng quyền cai trị của Musharraf.Cuộc tổng tuyển cử năm 2002 chứng kiến ​​sự trở lại của nền dân chủ, với việc PML(Q) của Musharraf thành lập một chính phủ thiểu số.