Trong Chiến tranh Bosnia và Chiến tranh Croatia 1991–1995, Montenegro đã cùng với lực lượng cảnh sát và quân đội của mình tham gia các cuộc tấn công vào các thị trấn Dubrovnik, Croatia và Bosnia cùng với quân đội Serbia, những hành động hung hãn nhằm giành được nhiều lãnh thổ hơn bằng vũ lực, được đặc trưng bởi một mô hình nhất quán về chiến tranh. vi phạm nhân quyền một cách trắng trợn và có hệ thống.Tướng Pavle Strugar của Montenegro kể từ đó đã bị kết án vì tham gia vào vụ đánh bom Dubrovnik.Những người tị nạn Bosnia bị cảnh sát Montenegro bắt giữ và chuyển đến các trại của người Serb ở Foča, nơi họ bị tra tấn có hệ thống và bị hành quyết.Vào tháng 5 năm 1992, Liên Hợp Quốc áp đặt lệnh cấm vận đối với FRY: điều này ảnh hưởng đến nhiều khía cạnh của cuộc sống ở nước này.Do vị trí địa lý thuận lợi (tiếp cận Biển Adriatic và đường thủy tới Albania qua Hồ Skadar) Montenegro trở thành trung tâm cho hoạt động buôn lậu.Toàn bộ nền sản xuất công nghiệp của Montenegro đã ngừng hoạt động và hoạt động kinh tế chính của nước cộng hòa trở thành buôn lậu hàng hóa tiêu dùng - đặc biệt là những mặt hàng thiếu hụt như xăng và thuốc lá, cả hai đều tăng giá chóng mặt.Nó đã trở thành một thông lệ được hợp pháp hóa trên thực tế và nó đã diễn ra trong nhiều năm.Trong trường hợp tốt nhất, chính phủ Montenegro đã nhắm mắt làm ngơ trước hoạt động bất hợp pháp này, nhưng phần lớn chính phủ đều tham gia tích cực vào hoạt động đó.Buôn lậu đã tạo ra đủ loại cá nhân mờ ám trở thành triệu phú, bao gồm cả các quan chức cấp cao của chính phủ.Milo Đukanović tiếp tục phải đối mặt với các hành động tại nhiều tòa án Ý khác nhau về vai trò của anh ta trong việc buôn lậu tràn lan trong những năm 1990 và cung cấp nơi trú ẩn an toàn ở Montenegro cho các nhân vật Mafia Ý khác nhau, những người cũng bị cáo buộc tham gia vào chuỗi phân phối buôn lậu.