Raja Hijau, Nữ hoàng xanh, lên ngôi Patani vào năm 1584 do thiếu người thừa kế nam.Cô thừa nhận quyền lực của Xiêm và lấy danh hiệu peracau.Dưới sự cai trị của bà kéo dài 32 năm, Patani phát triển thịnh vượng, trở thành trung tâm văn hóa và trung tâm thương mại nổi bật.Các thương gia Trung Quốc, Mã Lai, Xiêm, Bồ Đào Nha, Nhật Bản, Hà Lan và Anh thường xuyên lui tới Patani, góp phần vào sự tăng trưởng kinh tế của nơi này.Đặc biệt, các thương gia Trung Quốc đã đóng vai trò then chốt trong việc đưa Patani trở thành một trung tâm thương mại và các thương nhân châu Âu coi Patani như một cửa ngõ vào thị trường Trung Quốc.Sau triều đại của Raja Hijau, Patani được cai trị bởi hàng loạt nữ hoàng, bao gồm Raja Biru (Nữ hoàng xanh), Raja Ungu (Nữ hoàng tím) và Raja Kuning (Nữ hoàng vàng).Raja Biru sáp nhập Vương quốc Kelantan vào Patani, trong khi Raja Ungu thành lập liên minh và chống lại sự thống trị của Xiêm, dẫn đến xung đột với Xiêm.Triều đại của Raja Kuning đánh dấu sự suy giảm quyền lực và ảnh hưởng của Patani.Bà tìm cách hòa giải với người Xiêm, nhưng sự cai trị của bà bị đánh dấu bởi sự bất ổn chính trị và sự sụt giảm thương mại.Vào giữa thế kỷ 17, quyền lực của các nữ hoàng Patani đã suy yếu và tình trạng rối loạn chính trị lan tràn trong khu vực.Raja Kuning được cho là đã bị Raja của Kelantan phế truất vào năm 1651, mở ra triều đại Kelantan ở Patani.Khu vực này phải đối mặt với các cuộc nổi dậy và xâm lược, đáng chú ý nhất là từ Ayutthaya.Vào cuối thế kỷ 17, tình trạng bất ổn chính trị và tình trạng vô luật pháp đã ngăn cản các thương nhân nước ngoài giao dịch với Patani, dẫn đến sự suy tàn của nó như được mô tả trong các nguồn của Trung Quốc.