Nhiệm kỳ tổng thống của Akbar Hashemi Rafsanjani, bắt đầu vào ngày 16 tháng 8 năm 1989, được đánh dấu bằng việc tập trung vào tự do hóa kinh tế và thúc đẩy tư nhân hóa, trái ngược với cách tiếp cận do nhà nước kiểm soát nhiều hơn của các chính quyền trước đây ở Cộng hòa Hồi giáo Iran.Được mô tả là "tự do về kinh tế, độc tài về chính trị và truyền thống về mặt triết học", chính quyền của Rafsanjani vấp phải sự phản đối của các phần tử cấp tiến trong Majles (quốc hội Iran).^[114]Trong nhiệm kỳ của mình, Rafsanjani là người có công trong việc tái thiết Iran sau chiến tranh Iran-Iraq.^[115] Chính quyền của ông đã cố gắng hạn chế quyền lực của những người cực đoan, nhưng những nỗ lực này phần lớn không thành công khi Vệ binh Cách mạng Iran giành được nhiều quyền lực hơn dưới sự lãnh đạo của Khamenei.Rafsanjani phải đối mặt với cáo buộc tham nhũng từ cả phe bảo thủ ^[116] và phe cải cách, ^[117] và nhiệm kỳ tổng thống của ông nổi tiếng với những cuộc đàn áp khắc nghiệt đối với những người bất đồng chính kiến.^[118]Sau chiến tranh, chính phủ của Rafsanjani tập trung vào phát triển quốc gia.Kế hoạch phát triển đầu tiên của Cộng hòa Hồi giáo Iran được soạn thảo dưới thời chính quyền của ông, nhằm hiện đại hóa quốc phòng, cơ sở hạ tầng, văn hóa và kinh tế của Iran.Kế hoạch này nhằm đáp ứng các nhu cầu cơ bản, cải cách mô hình tiêu dùng và cải thiện quản lý hành chính và tư pháp.Chính phủ của Rafsanjani được ghi nhận vì ưu tiên phát triển cơ sở hạ tầng công nghiệp và giao thông.Ở trong nước, Rafsanjani ủng hộ nền kinh tế thị trường tự do, theo đuổi tự do hóa kinh tế với kho bạc nhà nước được hỗ trợ bởi nguồn thu từ dầu mỏ.Ông đặt mục tiêu đưa Iran vào nền kinh tế toàn cầu, ủng hộ các chính sách điều chỉnh cơ cấu lấy cảm hứng từ Ngân hàng Thế giới.Cách tiếp cận này hướng tới một nền kinh tế dựa trên công nghiệp hiện đại, trái ngược với các chính sách của người kế nhiệm ông, Mahmoud Ahmadinejad, người ủng hộ tái phân phối kinh tế và lập trường cứng rắn chống lại sự can thiệp của phương Tây.Rafsanjani khuyến khích sự hợp tác giữa các trường đại học và các ngành công nghiệp, nhấn mạnh sự cần thiết phải thích ứng với bối cảnh toàn cầu đang thay đổi nhanh chóng.Ông khởi xướng các dự án như Đại học Hồi giáo Azad, báo hiệu sự cam kết đối với giáo dục và phát triển.^[119]Nhiệm kỳ của Rafsanjani cũng chứng kiến ​​​​hệ thống tư pháp Iran hành quyết nhiều nhóm khác nhau, bao gồm những người bất đồng chính kiến, những người Cộng sản, người Kurd, người Baháʼí và thậm chí cả một số giáo sĩ Hồi giáo.Ông có lập trường đặc biệt cứng rắn chống lại Tổ chức Mojahedin Nhân dân Iran, ủng hộ các hình phạt khắc nghiệt phù hợp với luật Hồi giáo.^[120] Rafsanjani hợp tác chặt chẽ với Khamenei để đảm bảo sự ổn định của chính phủ sau cái chết của Khomeini.Về đối ngoại, Rafsanjani nỗ lực hàn gắn quan hệ với các quốc gia Ả Rập và mở rộng quan hệ với các nước ở Trung Á và vùng Kavkaz.Tuy nhiên, mối quan hệ với các nước phương Tây, đặc biệt là Mỹ, vẫn căng thẳng.Chính phủ của Rafsanjani đã cung cấp viện trợ nhân đạo trong Chiến tranh vùng Vịnh Ba Tư và lên tiếng ủng hộ các sáng kiến ​​​​hòa bình ở Trung Đông.Ông cũng đóng vai trò quan trọng trong việc hỗ trợ chương trình hạt nhân của Iran, đảm bảo rằng việc Iran sử dụng công nghệ hạt nhân là vì mục đích hòa bình.^[121]