Người Hy Lạp đã cầm cự ở Peloponnese cho đến năm 1460, còn người Venice và người Genova bám chặt vào một số hòn đảo, nhưng đến đầu thế kỷ 16, toàn bộ lục địa Hy Lạp và hầu hết các đảo Aegean đã bị Đế chế Ottoman chiếm đóng, ngoại trừ một số thành phố cảng vẫn còn tồn tại. được nắm giữ bởi người Venice (Nafplio, Monemvasia, Parga và Methone là những người quan trọng nhất trong số họ).Quần đảo Cyclades, ở giữa Aegean, chính thức bị người Ottoman sáp nhập vào năm 1579, mặc dù họ ở trong tình trạng chư hầu kể từ những năm 1530.Síp thất thủ năm 1571, và người Venice giữ lại Crete cho đến năm 1669. Quần đảo Ionian chưa bao giờ bị người Ottoman cai trị, ngoại trừ Kefalonia (từ 1479 đến 1481 và từ 1485 đến 1500), và vẫn nằm dưới sự cai trị của Cộng hòa Venice. .Chính tại Quần đảo Ionian, nơi chế độ nhà nước Hy Lạp hiện đại đã ra đời, với sự thành lập Cộng hòa Bảy Quần đảo vào năm 1800.Ottoman Hy Lạp là một xã hội đa sắc tộc.Tuy nhiên, quan niệm hiện đại của phương Tây về chủ nghĩa đa văn hóa, mặc dù thoạt nhìn có vẻ tương ứng với hệ thống kê, nhưng lại bị coi là không tương thích với hệ thống Ottoman.Một tay người Hy Lạp được trao một số đặc quyền và tự do;mặt khác, họ phải đối mặt với sự chuyên chế xuất phát từ những sai sót của nhân viên hành chính mà chính quyền trung ương chỉ có quyền kiểm soát từ xa và không đầy đủ.Khi người Ottoman đến, hai cuộc di cư của người Hy Lạp đã xảy ra.Cuộc di cư đầu tiên kéo theo giới trí thức Hy Lạp di cư sang Tây Âu và ảnh hưởng đến sự ra đời của thời Phục hưng.Cuộc di cư thứ hai kéo theo việc người Hy Lạp rời khỏi vùng đồng bằng của bán đảo Hy Lạp và tái định cư ở vùng núi.Hệ thống kê đã góp phần vào sự gắn kết dân tộc của người Hy Lạp Chính thống bằng cách phân chia các dân tộc khác nhau trong Đế quốc Ottoman dựa trên tôn giáo.Những người Hy Lạp sống ở vùng đồng bằng trong thời kỳ cai trị của Ottoman là những người theo đạo Cơ đốc phải đối mặt với gánh nặng của sự cai trị của nước ngoài hoặc những người theo đạo Cơ đốc mật (những người Hồi giáo Hy Lạp là những người bí mật thực hành đức tin Chính thống Hy Lạp).Một số người Hy Lạp trở thành tín đồ Cơ đốc giáo mật mã để tránh thuế nặng, đồng thời thể hiện danh tính của mình bằng cách duy trì mối quan hệ với Giáo hội Chính thống Hy Lạp.Tuy nhiên, những người Hy Lạp cải sang đạo Hồi và không phải là người theo đạo Cơ đốc mật mã sẽ bị coi là "người Thổ Nhĩ Kỳ" (Hồi giáo) trong mắt những người Hy Lạp chính thống, ngay cả khi họ không sử dụng ngôn ngữ Thổ Nhĩ Kỳ.Người Ottoman cai trị phần lớn Hy Lạp cho đến đầu thế kỷ 19.Nhà nước Hy Lạp tự trị đầu tiên kể từ thời Trung Cổ được thành lập trong Chiến tranh Cách mạng Pháp vào năm 1800, 21 năm trước khi cuộc cách mạng Hy Lạp bùng nổ ở lục địa Hy Lạp.Đó là Cộng hòa Septinsular với Corfu là thủ đô.