21-asr boshlarida Singapur bir qancha muhim muammolarga duch keldi, xususan, 2003-yilda SARS epidemiyasi va terrorizm tahdidining kuchayishi.2001-yilda elchixonalar va asosiy infratuzilmani nishonga olgan xavotirli fitna barbod boʻldi, natijada Jemaah Islomiyaning 15 aʼzosi hibsga olindi.Ushbu hodisa etkazilgan zararni aniqlash, oldini olish va kamaytirishga qaratilgan terrorizmga qarshi kompleks chora-tadbirlarni joriy etishga turtki bo'ldi.Shu bilan birga, mamlakat iqtisodiyoti nisbatan barqaror bo'lib, 2003 yilda uy xo'jaliklarining o'rtacha oylik daromadi 4870 SGD dollarini tashkil etdi.2004 yilda Li Kuan Yuning to'ng'ich o'g'li Li Syan Lung Singapurning uchinchi bosh vaziri lavozimiga ko'tarildi.Uning rahbarligida bir nechta o'zgartiruvchi milliy siyosatlar taklif qilindi va amalga oshirildi.Shunisi e'tiborga loyiqki, 2005 yilda Milliy xizmatni o'qitish muddati ikki yarim yildan ikki yilgacha qisqartirildi. Hukumat shuningdek, qonunchilik asoslaridan tortib, jamiyatni tashvishga soladigan masalalargacha bo'lgan qator masalalar bo'yicha fuqarolarning fikr-mulohazalarini faol ravishda o'rganib, "Qisqachilikka barham berish" dasturini boshladi.2006 yilgi umumiy saylovlar Singapur siyosiy landshaftida muhim burilish nuqtasi bo'ldi, bu birinchi navbatda hukumat tomonidan tartibga solinmagan Internet va bloglarning misli ko'rilmagan ta'siri tufayli.Saylov oldidan strategik qadam sifatida hukumat barcha kattalar fuqarolariga umumiy qiymati 2,6 milliard SGD bo'lgan "progress paketi" pul mukofotini tarqatdi.Muxolifat mitinglarida ko‘p ishtirok etganiga qaramay, hukmron Xalq harakati partiyasi (XAP) 84 o‘rindan 82 tasini qo‘lga kiritib, 66 foiz ovoz to‘plagan holda o‘z tayanchini saqlab qoldi.Singapurning Malayziya bilan mustaqillikdan keyingi munosabatlari murakkab bo'lib, ko'pincha kelishmovchiliklar bilan tavsiflanadi, ammo o'zaro ishonch bilan ta'kidlanadi.ASEAN a'zolari sifatida ikkala davlat ham o'zlarining umumiy mintaqaviy manfaatlarini tan oladilar.Ushbu o'zaro bog'liqlik Singapurning suv ta'minotining muhim qismini Malayziyaga qaramligi bilan yana bir bor ta'kidlaydi.Ikkala davlat ham mustaqillikdan keyingi turli yo'nalishlari tufayli vaqti-vaqti bilan og'zaki sparring bilan shug'ullangan bo'lsa-da, xayriyatki, ular jiddiy mojarolar yoki jangovar harakatlardan uzoqlashdilar.