مارچ 1505 میں 25 سال کی عمر میں، میگیلن نے پرتگالی ہندوستان کے پہلے وائسرائے کے طور پر فرانسسکو ڈی المیڈا کی میزبانی کے لیے بھیجے گئے 22 بحری جہازوں کے بیڑے میں شمولیت اختیار کی۔ اگرچہ اس کا نام تواریخ میں نہیں ملتا، لیکن معلوم ہوتا ہے کہ وہ آٹھ سال گوا، کوچین اور کوئلن میں رہا۔ اس نے کئی لڑائیوں میں حصہ لیا، جن میں 1506 میں کیننور کی لڑائی بھی شامل تھی، جہاں وہ زخمی ہو گئے تھے۔ 1509 میں اس نے دیو کی جنگ لڑی۔

پرتگال کے بادشاہ مینوئل کی طرف سے بار بار اسپائس جزائر میں اپنی مجوزہ مہمات کو مسترد کرنے کے بعد، میگیلن نے اسپین کے نوجوان بادشاہ (اور مستقبل کے مقدس رومی شہنشاہ) چارلس اول کی طرف رجوع کیا۔ 1494 کے ٹورڈیسلس کے معاہدے کے تحت، پرتگال نے ایشیا کے مشرقی راستوں کو کنٹرول کیا جو افریقہ کے گرد جاتے تھے۔ میگیلن نے اس کے بجائے مغربی راستے سے اسپائس جزائر تک پہنچنے کی تجویز پیش کی، ایسا کارنامہ جو کبھی پورا نہیں ہوا تھا۔ اس امید پر کہ اس سےاسپین کے لیے تجارتی طور پر مفید تجارتی راستہ نکلے گا، چارلس نے اس مہم کی منظوری دی، اور زیادہ تر فنڈنگ ​​فراہم کی۔

10 اگست 1519 کو، میگیلن کی کمان میں پانچ بحری جہاز سیویل سے روانہ ہوئے اور دریائے گواڈالکوویر سے اتر کر دریا کے منہ پر واقع سانلوکار ڈی بارامیڈا پہنچے۔ وہاں وہ پانچ ہفتے سے زیادہ رہے۔ یہ بحری بیڑا 20 ستمبر 1519 کو اسپین سے روانہ ہوا، مغرب میں بحر اوقیانوس کے پار جنوبی امریکہ کی طرف روانہ ہوا۔ میگیلن کا بیڑا پانچ بحری جہازوں پر مشتمل تھا، جو دو سال کے سفر کے لیے سامان لے جاتے تھے۔ عملہ تقریباً 270 آدمیوں پر مشتمل تھا۔ زیادہ تر ہسپانوی تھے، لیکن تقریباً 40 پرتگالی تھے۔

13 دسمبر کو یہ بحری بیڑا برازیل کے شہر ریو ڈی جنیرو پہنچا۔ اگرچہ برائے نام پرتگالی علاقہ تھا، لیکن اس وقت انہوں نے وہاں کوئی مستقل آباد کاری نہیں کی۔ بندرگاہ پر کوئی پرتگالی جہاز نہ دیکھ کر، میگیلن جانتا تھا کہ اسے روکنا محفوظ رہے گا۔

بحری بیڑے نے ریو میں 13 دن گزارے، اس دوران انہوں نے اپنے جہازوں کی مرمت کی، پانی اور خوراک (جیسے شکرقندی، کاساوا اور انناس) کا ذخیرہ کیا اور مقامی لوگوں سے بات چیت کی۔ یہ مہم اپنے ساتھ تجارت کے لیے بنائے گئے شیشے، کنگھی، چاقو اور گھنٹیوں کی ایک بڑی مقدار لے کر آئی تھی۔ مقامی لوگوں نے کھانے اور مقامی اشیا (جیسے طوطے کے پنکھ) کا آسانی سے ایسی اشیاء کے بدلے کیا۔ عملے نے یہ بھی پایا کہ وہ مقامی خواتین سے جنسی پسند خرید سکتے ہیں۔ مؤرخ ایان کیمرون نے ریو میں عملے کے وقت کو "کھانے اور محبت کرنے کا ایک ساٹرنالیا" قرار دیا۔

27 دسمبر کو، بحری بیڑے نے ریو ڈی جنیرو کو چھوڑ دیا۔ Pigafetta نے لکھا کہ مقامی لوگ انہیں وہاں سے جاتے دیکھ کر مایوس ہوئے، اور یہ کہ کچھ لوگ ڈونگیوں میں ان کا پیچھا کرتے ہوئے انہیں رہنے کے لیے آمادہ کرنے کی کوشش کر رہے تھے۔

تین ماہ کی تلاش کے بعد (بشمول ریو ڈی لا پلاٹا کے ساحل میں غلط آغاز)، موسمی حالات نے بحری بیڑے کو سردیوں کا انتظار کرنے کے لیے اپنی تلاش روکنے پر مجبور کردیا۔ انہیں سینٹ جولین کی بندرگاہ پر ایک محفوظ قدرتی بندرگاہ ملا، اور وہ پانچ ماہ تک وہاں رہے۔ سینٹ جولین پر اترنے کے کچھ دیر بعد، ہسپانوی کپتانوں جوآن ڈی کارٹیجینا، گیسپر ڈی کویساڈا اور لوئس ڈی مینڈوزا کی قیادت میں بغاوت کی کوشش ہوئی۔ میگیلن بمشکل بغاوت پر قابو پانے میں کامیاب ہوا، اس کے باوجود کہ ایک موقع پر اپنے پانچ میں سے تین بحری جہازوں کا کنٹرول باغیوں کے ہاتھ میں کھو بیٹھا۔ مینڈوزا تنازعہ کے دوران مارا گیا تھا، اور میگیلن نے Quesada اور Cartagena کو بالترتیب سر قلم کرنے اور مارے جانے کی سزا سنائی تھی۔ نچلے درجے کے سازشیوں کو سردیوں میں زنجیروں میں جکڑ کر سخت مشقت کرنے کے لیے بنایا گیا تھا، لیکن بعد میں انہیں رہا کر دیا گیا۔

موسم سرما کے دوران، بحری بیڑے میں سے ایک، سینٹیاگو، قریبی پانیوں کا سروے کرتے ہوئے طوفان میں گم ہو گیا، حالانکہ کوئی آدمی ہلاک نہیں ہوا۔ سردیوں کے بعد، بحری بیڑے نے اکتوبر 1520 میں بحرالکاہل کے راستے کی تلاش دوبارہ شروع کی۔ تین دن بعد، انہیں ایک خلیج ملی جو بالآخر انہیں ایک آبنائے کی طرف لے گئی، جسے اب آبنائے میگیلان کے نام سے جانا جاتا ہے، جس نے انہیں بحر الکاہل تک جانے کی اجازت دی۔ پیسیفک آبنائے کی تلاش کے دوران، بقیہ چار بحری جہازوں میں سے ایک، سان انتونیو، بحری بیڑے کو چھوڑ کر مشرق کی طرف اسپین کی طرف لوٹ گیا۔ یہ بحری بیڑا نومبر 1520 کے آخر تک بحرالکاہل تک پہنچ گیا۔ اس وقت عالمی جغرافیہ کی نامکمل تفہیم کی بنیاد پر، میگیلن نے ایشیا کے لیے ایک مختصر سفر کی توقع کی، شاید اس میں تین یا چار دن لگیں۔ درحقیقت پیسفک کراسنگ میں تین ماہ اور بیس دن لگے۔ طویل سفر نے ان کی خوراک اور پانی کی سپلائی ختم کر دی، اور تقریباً 30 مرد مر گئے، جن میں سے زیادہ تر اسکروی تھے۔ میگیلن خود صحت مند رہا، شاید اس کی وجہ سے اس کی ذاتی طور پر محفوظ شدہ quince کی فراہمی تھی۔

6 مارچ 1521 کو، تھکے ہوئے بیڑے نے گوام کے جزیرے پر لینڈ فال کیا اور ان کی ملاقات مقامی چمورو لوگوں سے ہوئی جو بحری جہاز پر سوار ہوئے اور دھاندلی، چاقو اور جہاز کی کشتی جیسی چیزیں لے گئے۔ چامورو لوگوں نے سوچا ہو گا کہ وہ تجارتی تبادلے میں حصہ لے رہے ہیں (جیسا کہ انہوں نے پہلے ہی بحری بیڑے کو کچھ سامان فراہم کیا تھا)، لیکن عملے نے ان کی کارروائیوں کو چوری سے تعبیر کیا۔ میگیلن نے جوابی کارروائی کے لیے ایک چھاپہ مار پارٹی کو ساحل پر بھیجا، کئی چمورو مردوں کو ہلاک کر دیا، ان کے گھروں کو جلایا، اور 'چوری شدہ' سامان برآمد کر لیا۔

16 مارچ کو یہ بحری بیڑا فلپائن پہنچا، جہاں وہ ڈیڑھ ماہ تک قیام کرے گا۔ میگیلن نے لیماساوا جزیرے پر مقامی رہنماؤں سے دوستی کی، اور 31 مارچ کو، فلپائن میں پہلا اجتماع منعقد کیا، جزیرے کی سب سے اونچی پہاڑی پر کراس لگا کر۔ میگیلن نے مقامی لوگوں کو عیسائیت میں تبدیل کرنے کا منصوبہ بنایا۔ زیادہ تر نے نئے مذہب کو آسانی سے قبول کر لیا، لیکن جزیرہ مکٹن نے مزاحمت کی۔

27 اپریل کو، میگیلن اور اس کے عملے کے ارکان نے میکٹن کے مقامی باشندوں کو طاقت کے ذریعے زیر کرنے کی کوشش کی، لیکن اس کے بعد ہونے والی لڑائی میں، یورپیوں کو مغلوب کر دیا گیا اور میگیلن کو میکٹن کے ایک مقامی سردار لاپولاپو نے مار ڈالا۔

اس کی موت کے بعد، میگیلن کو ابتدائی طور پر شریک کمانڈرز جوآن سیرانو اور ڈوارٹے باربوسا (بعد میں دیگر افسران کی ایک سیریز کے ساتھ) نے کامیابی حاصل کی۔ بحری بیڑے نے فلپائن کو چھوڑ دیا (سابق اتحادی راجہ ہمابون کی طرف سے خونی دھوکہ دہی کے بعد) اور بالآخر نومبر 1521 میں مولوکاس کی طرف روانہ ہو گئے۔ مسالوں سے لدے، انہوں نے دسمبر میں اسپین کے لیے سفر کرنے کی کوشش کی، لیکن پتہ چلا کہ ان میں سے صرف ایک باقی رہ گیا ہے۔ دو جہاز، وکٹوریہ، سمندر کے قابل تھے۔

وکٹوریہ نے 21 دسمبر 1521 کو بحر ہند کے راستے گھر روانہ کیا، جس کی کمانڈ جوآن سیبسٹین ایلکانو نے کی۔ 6 مئی 1522 تک وکٹوریہ نے کیپ آف گڈ ہوپ کا چکر لگایا، راشن کے لیے صرف چاول تھے۔

9 جولائی 1522 تک عملہ کے بیس افراد بھوک سے مر گئے، جب ایلکانو نے پرتگالی کیپ وردے کو رزق کے لیے رکھا۔ عملہ یہ جان کر حیران رہ گیا کہ یہ تاریخ دراصل 10 جولائی 1522 تھی، کیونکہ انہوں نے تین سال کے سفر کے ہر دن کو بغیر کسی کمی کے ریکارڈ کیا تھا۔ کور اسٹوری کا استعمال کرتے ہوئے کہ وہ امریکہ سے اسپین واپس آرہے تھے، انہیں پہلے خریداری کرنے میں کوئی پریشانی نہیں ہوئی۔ تاہم، پرتگالیوں نے عملے کے 13 ارکان کو حراست میں لے لیا جب پتہ چلا کہ وکٹوریہ ایسٹ انڈیز سے مصالحے لے کر جا رہی تھی۔ وکٹوریہ اپنے 26 ٹن مسالوں (لونگ اور دار چینی) کے سامان کے ساتھ فرار ہونے میں کامیاب ہو گئی۔

6 ستمبر 1522 کو، ایلکانو اور میگیلان کے سفر کا بقیہ عملہ وکٹوریہ پر سوار اسپین کے سانلوکار ڈی بارامیڈا پہنچے، ان کے جانے کے تقریباً تین سال بعد۔ اس کے بعد وہ اوپریور سے سیویل کی طرف روانہ ہوئے، اور وہاں سے اوورلینڈ سے ویلاڈولڈ گئے، جہاں وہ شہنشاہ کے سامنے پیش ہوئے۔ جب وکٹوریہ، ایک زندہ بچ جانے والا جہاز اور بحری بیڑے میں سب سے چھوٹی گاڑی، زمین کا پہلا چکر مکمل کرنے کے بعد روانگی کی بندرگاہ پر واپس آیا، اصل 270 مردوں میں سے صرف 18 آدمی سوار تھے۔ واپس لوٹنے والے یورپیوں کے علاوہ، وکٹوریہ نے تین مولوکنس پر سوار تھے جو ٹائیڈور پر سوار تھے۔

میگیلن اپنی بحری مہارت اور استقامت کے لیے مشہور ہے۔ پہلے چکر کو "دریافت کے دور میں سب سے بڑا سمندری سفر" کہا جاتا ہے، اور یہاں تک کہ "اب تک کی گئی سب سے اہم سمندری سفر"۔ میگیلن کے کارناموں کی تعریف وقت کے ساتھ ساتھ اس کے بعد کی مہموں کی ناکامی سے بڑھ گئی ہے جس نے اس کے راستے کو واپس لینے کی کوشش کی تھی، جس کا آغاز 1525 میں لوئیسا مہم سے ہوا تھا (جس میں جوان سیبسٹین ایلکانو کو سیکنڈ ان کمانڈ کے طور پر دکھایا گیا تھا)۔ فرانسس ڈریک کی قیادت میں طواف کو کامیابی سے مکمل کرنے کے لیے اگلی مہم وکٹوریہ کی واپسی کے 58 سال بعد 1580 تک نہیں ہوگی۔

میگیلن نے بحر الکاہل کا نام دیا (جسے اکثر اٹھارویں صدی تک اس کے اعزاز میں بحیرہ میگیلان بھی کہا جاتا تھا) اور اس کا نام آبنائے میگیلان ہے۔

اگرچہ میگیلن اس سفر میں زندہ نہیں بچا تھا، لیکن اسے ایلکانو کے مقابلے میں اس مہم کے لیے زیادہ پذیرائی ملی ہے، چونکہ میگیلن ہی اسے شروع کرنے والا تھا، پرتگال ایک پرتگالی متلاشی کو تسلیم کرنا چاہتا تھا، اور اسپین کو باسک قوم پرستی کا خوف تھا۔