21. yüzyılın başlarında Singapur, en önemlisi 2003'teki SARS salgını ve artan terör tehdidi olmak üzere birçok önemli zorlukla karşı karşıya kaldı.2001 yılında büyükelçilikleri ve önemli altyapıları hedef alan endişe verici bir komplo engellendi ve İslami Cemaat'in 15 üyesinin tutuklanmasına yol açtı.Bu olay, tespit, önleme ve hasarın hafifletilmesine yönelik kapsamlı terörle mücadele tedbirlerinin uygulanmasını teşvik etti.Aynı zamanda, ülke ekonomisi nispeten istikrarlı kaldı; 2003 yılında ortalama aylık hane geliri 4.870 SGD$ olarak rapor edildi.2004 yılında Lee Kuan Yew'in en büyük oğlu Lee Hsien Loong, Singapur'un üçüncü başbakanı pozisyonuna yükseldi.Onun liderliğinde birçok dönüştürücü ulusal politika önerildi ve uygulandı.Dikkate değer bir şekilde, Ulusal Hizmet eğitiminin süresi 2005 yılında iki buçuk yıldan iki yıla kısaltılmıştır. Hükümet aynı zamanda yasal çerçevelerden toplumsal kaygılara kadar çeşitli konularda vatandaşların geri bildirimini aktif olarak arayan bir "Bürokrasiyi Azaltma" programı başlatmıştır.2006 genel seçimleri, özellikle hükümet tarafından kontrol edilmeyen internet ve blog yazmanın benzeri görülmemiş etkisi nedeniyle, Singapur'un siyasi ortamında önemli bir dönüm noktası oldu.Hükümet, seçimden hemen önce stratejik bir hamleyle tüm yetişkin vatandaşlara toplam 2,6 milyar SGD tutarında bir "ilerleme paketi" nakit ikramiyesi dağıttı.Muhalefet mitinglerindeki yüksek katılıma rağmen iktidardaki Halkın Hareket Partisi (PAP) kalesini korudu ve 84 sandalyenin 82'sini ve oyların %66'sını aldı.Singapur'un Malezya ile bağımsızlık sonrası ilişkisi karmaşıktır; genellikle anlaşmazlıklarla karakterize edilir, ancak karşılıklı güven de vurgulanır.ASEAN üyeleri olarak her iki ülke de ortak bölgesel çıkarlarının farkındadır.Bu karşılıklı bağımlılık, Singapur'un su tedarikinin önemli bir kısmı için Malezya'ya bağımlı olmasıyla daha da vurgulanıyor.Her iki ülke de bağımsızlık sonrası farklı gidişatları nedeniyle ara sıra sözlü tartışmalara girse de, neyse ki ciddi çatışmalardan veya düşmanlıklardan uzak durdular.