1997 seçimlerinde muhafazakar parti önemli bir çoğunluk elde ederek, Başbakan'ın yetkileri üzerindeki kontrol ve dengeyi azaltacak şekilde anayasa değişikliği yapmalarına olanak tanıdı.Navaz Şerif, Cumhurbaşkanı Farooq Leghari, Genelkurmay Başkanı Komitesi Başkanı General Jehangir Karamat, Deniz Kuvvetleri Komutanı Amiral Fasih Bokharie ve Baş Yargıç Sajjad Ali Shah gibi kilit isimlerin kurumsal zorluklarıyla karşı karşıya kaldı.Şerif bu zorluklara başarılı bir şekilde karşı çıktı ve sonuç olarak dördü de istifa etti; Yüksek Mahkeme Şerif'in destekçileri tarafından basıldıktan sonra Baş Yargıç Şah istifa etti.Hindistan'la gerginlikler 1998'de Hindistan'ın nükleer denemelerinin (Shakti Operasyonu) ardından tırmandı.Buna yanıt olarak Şerif, kabine savunma komitesini topladı ve ardından Pakistan'ın Chagai Tepeleri'nde kendi nükleer testlerini yapması emrini verdi.Bu eylem uluslararası alanda kınansa da yurt içinde popüler oldu ve Hindistan sınırındaki askeri hazırlığı artırdı.Şerif'in nükleer denemelerin ardından uluslararası eleştirilere verdiği güçlü yanıt, Hindistan'ı nükleer silahların yayılmasından dolayı kınamayı ve ABD'yiJaponya'da tarihi nükleer silah kullanımından dolayı eleştirmeyi içeriyordu:Dünya, [Hindistan'a]... yıkıcı yolu seçmemesi için baskı yapmak yerine... onun hiçbir hatası olmadan [Pakistan'a] her türlü yaptırımı uyguladı...!Eğer Japonya'nın kendi nükleer kapasitesi olsaydı...[şehirleri]...Hiroşima ve Nagazaki,... Amerika Birleşik Devletleri'nin elinde atomik yıkıma uğramazdı.Onun liderliğinde Pakistan, nükleer silah sahibi olduğu ilan edilen yedinci ve Müslüman dünyasında ilk devlet oldu.Şerif hükümeti nükleer kalkınmanın yanı sıra Pakistan Çevre Koruma Ajansı'nı kurarak çevre politikalarını da uygulamaya koydu.Butto'nun kültür politikalarını sürdüren Şerif, medya politikasında hafif bir değişikliğe işaret ederek Hint medyasına bir miktar erişime izin verdi.