Pervez Müşerref'in 1999'dan 2007'ye kadar olan başkanlığı, Pakistan'da liberal güçlerin ilk kez önemli bir güce sahip olduğu dönem oldu.Citibank yöneticisi Shaukat Aziz'in ekonominin kontrolünü ele geçirmesiyle ekonomik liberalizasyon, özelleştirme ve medya özgürlüğüne yönelik girişimler başlatıldı.Müşerref hükümeti, muhafazakarları ve solcuları bir kenara bırakarak liberal partilerdeki siyasi işçilere af çıkardı.Müşerref, Hindistan'ın kültürel etkisine karşı koymak amacıyla özel medyayı önemli ölçüde genişletti.Yüksek Mahkeme, Ekim 2002'de genel seçim yapılmasını emretti ve Müşerref, ABD'nin 2001'de Afganistan'ı işgalini onayladı. Keşmir konusunda Hindistan'la yaşanan gerginlikler, 2002'de askeri bir ayrılığa yol açtı.Müşerref'in tartışmalı sayılan 2002 referandumu başkanlık süresini uzattı.2002 genel seçimlerinde liberaller ve merkezciler çoğunluğu kazanarak Müşerref'in desteğiyle bir hükümet kurdular.Pakistan Anayasasında yapılan 17. Değişiklik, Müşerref'in eylemlerini geriye dönük olarak meşrulaştırdı ve başkanlığını uzattı.Shaukat Aziz 2004 yılında Başbakan oldu ve ekonomik büyümeye odaklandı ancak sosyal reformlar konusunda muhalefetle karşılaştı.Müşerref ve Aziz, El Kaide bağlantılı birçok suikast girişiminden sağ kurtuldu.Nükleer silahların yayılmasına ilişkin iddialar uluslararası alanda güvenilirliğini zedeledi.İç zorluklar arasında kabile bölgelerindeki çatışmalar ve 2006'da Taliban'la yapılan ateşkes yer alıyordu, ancak mezhepsel şiddet devam ediyordu.