1999 yılında Pakistan, General Pervez Müşerref ve Müşterek Kurmay Karargâhındaki askeri personelin liderliğinde kansız bir askeri darbe yaşadı.12 Ekim'de Başbakan Navaz Şerif'in sivil hükümetinin kontrolünü ele geçirdiler.İki gün sonra Müşerref, İcra Kurulu Başkanı olarak Pakistan Anayasasını tartışmalı bir şekilde askıya aldı.Darbe, Şerif yönetimi ile ordu arasında, özellikle de General Müşerref ile artan gerilimden kaynaklandı.Şerif'in Müşerref'in yerine Korgeneral Ziauddin Butt'u genelkurmay başkanı olarak atama girişimi, üst düzey askeri yetkililerin direnişiyle karşılandı ve Butt'un tutuklanmasına yol açtı.Darbenin infazı hızlı oldu.17 saat içinde askeri komutanlar önemli hükümet kurumlarını ele geçirerek Şerif ve erkek kardeşi dahil yönetimini ev hapsine aldı.Ordu ayrıca kritik iletişim altyapısının kontrolünü de ele geçirdi.Baş Yargıç Irshad Hassan Khan liderliğindeki Pakistan Yüksek Mahkemesi, sıkıyönetim yasasını "zorunluluk doktrini" kapsamında onayladı ancak süresini üç yılla sınırladı.Şerif, Müşerref'i taşıyan uçakta hayatları tehlikeye atmak suçundan yargılandı ve mahkum edildi; bu karar tartışmalara yol açtı.Aralık 2000'de Müşerref beklenmedik bir şekilde Şerif'i affetti ve Şerif daha sonra Suudi Arabistan'a uçtu.2001 yılında Müşerref, Cumhurbaşkanı Refik Tarar'ı istifaya zorladıktan sonra cumhurbaşkanı oldu.Nisan 2002'de birçok kişi tarafından hileli olduğu gerekçesiyle eleştirilen ulusal referandum, Müşerref'in iktidarını genişletti.2002 genel seçimleri, Müşerref'in PML(Q)'nun bir azınlık hükümeti kurmasıyla demokrasiye dönüşe tanık oldu.