Yeni padişah, Johor Nehri kıyısında yeni bir başkent kurdu ve oradan kuzeydeki Portekizlileri taciz etmeye devam etti.O zamana kadar A Famosa kalesi tarafından korunan Malakka'yı geri almak için Perak'taki kardeşi ve Pahang Sultanı ile birlikte sürekli çalıştı.Aynı dönemde Sumatra'nın kuzey kesiminde Açe Sultanlığı, Malakka Boğazı üzerinde önemli bir nüfuz kazanmaya başlıyordu.Malakka'nın Hıristiyanların eline geçmesiyle birlikte Müslüman tüccarlar genellikle Malakka'yı atlayarak Aceh'e veya Johor'un başkenti Johor Lama'ya (Kota Batu) yöneldiler.Bu nedenle Malacca ve Aceh doğrudan rakip haline geldi.Portekizlilerin ve Johor'un sık sık korna çalmasıyla Aceh, boğazlardaki hakimiyetini sıkılaştırmak için her iki tarafa da çok sayıda baskın düzenledi.Aceh'in yükselişi ve genişlemesi Portekizlileri ve Johor'u ateşkes imzalamaya ve dikkatlerini Aceh'e yöneltmeye teşvik etti.Ancak ateşkes kısa sürdü ve Aceh'in ciddi şekilde zayıflamasıyla Johor ve Portekizliler yeniden birbirlerinin görüş alanına girdi.Sultan İskender Muda'nın hükümdarlığı sırasında Açe, 1613'te ve 1615'te tekrar Johor'a saldırdı ^[.54]