İşgal sırasında etnik gerginlikler arttı ve milliyetçilik arttı.Britanya ^[iflas] etmişti ve yeni İşçi Partisi hükümeti güçlerini Doğu'dan çekmeye istekliydi.Ancak Malayların çoğu, İngilizlerden bağımsızlık istemekten ziyade kendilerini MCP'ye karşı savunmakla ilgileniyordu.1944'te İngilizler, Federe ve Federe Olmayan Malay Devletlerinin yanı sıra Penang ve Malacca'yı (ancak Singapur değil) bağımsızlığa yönelik tek bir Kraliyet kolonisine dönüştürecek bir Malayan Birliği için planlar hazırladı.Nihai bağımsızlığı amaçlayan bu hamle, öncelikle etnik Çinliler ve diğer azınlıklar için önerilen eşit vatandaşlık nedeniyle Malayların ciddi direnişiyle karşılaştı.İngilizler bu grupları savaş sırasında Malaylara göre daha sadık olarak algıladılar.Bu muhalefet 1948'de Malaya Birliği'nin dağılmasına ve yerini İngiliz koruması altında Malay devlet yöneticilerinin özerkliğini koruyan Malaya Federasyonu'na yol açtı.Bu siyasi değişikliklere paralel olarak, öncelikle etnik Çinlilerin desteklediği Malaya Komünist Partisi (MCP) ivme kazanıyordu.Başlangıçta yasal bir parti olan MCP, İngilizleri Malaya'dan kovma arzusuyla gerilla savaşına yönelmişti.Temmuz 1948'e gelindiğinde İngiliz hükümeti olağanüstü hal ilan ederek MCP'nin ormana çekilmesine ve Malayan Halk Kurtuluş Ordusu'nu kurmasına neden oldu.Bu çatışmanın temel nedenleri, etnik Çinlileri marjinalleştiren anayasal değişikliklerden plantasyon gelişimi için köylülerin yerlerinden edilmesine kadar uzanıyordu.Ancak MCP, küresel komünist güçlerden asgari düzeyde destek aldı.1948'den 1960'a kadar süren Malayan Acil Durumu, İngilizlerin MCP'ye karşı Teğmen Sir Gerald Templer tarafından yönetilen modern isyan bastırma taktiklerini kullandığını gördü.Çatışma, Batang Kali katliamı gibi zulümlerden payını alırken, İngilizlerin MCP'yi destek tabanından izole etme stratejisi, ekonomik ve siyasi tavizlerle birleşerek isyancıları giderek zayıflattı.1950'lerin ortalarına gelindiğinde, gidişat MCP'nin aleyhine döndü ve Tunku Abdul Rahman'ın ilk başbakanı olduğu 31 Ağustos 1957'de Federasyonun Commonwealth içinde bağımsızlığına zemin hazırladı.