Malakka hanedanının son padişahı Sultan II. Mahmud Şah, Bendehara Habib'in ölümü ve ardından Bendahara Abdul Celil'in atanmasından sonra büyük ölçüde kontrol edilmeyen dengesiz davranışlarıyla biliniyordu.Bu davranış, Sultan'ın bir asilzadenin hamile karısının küçük bir ihlal nedeniyle idam edilmesi emrini vermesiyle sonuçlandı.Misilleme olarak Sultan, mağdur soylular tarafından öldürüldü ve 1699'da taht boş kaldı. Padişahın danışmanları Orang Kayas, tahtı Bendahara Abdul Celil'in devralmasını öneren Muar Raja Temenggong'u Sa Akar DiRaja'ya döndü.Ancak veraset, özellikle Orang Laut'ta bir miktar hoşnutsuzlukla karşılandı.Bu istikrarsızlık döneminde Johor'daki iki baskın grup (Bugiler ve Minangkabau) iktidarı kullanma fırsatını gördü.Minangkabau, Sultan II. Mahmud'un ölümünden sonra doğan oğlu olduğunu iddia eden bir prens olan Raja Kecil'i tanıttı.Zenginlik ve güç vaadiyle Bugiler başlangıçta Raja Kecil'i destekledi.Ancak Raja Kecil onlara ihanet etti ve onların rızası olmadan kendisini Johor Sultanı olarak taçlandırdı, bu da önceki Sultan IV. Abdul Celil'in kaçmasına ve sonunda suikasta uğramasına neden oldu.Misilleme olarak Bugiler, Sultan IV. Abdul Celil'in oğlu Raja Süleyman ile güçlerini birleştirerek Raja Kecil'in 1722'de tahttan indirilmesine yol açtı. Raja Süleyman, Sultan olarak yükselirken, aslında Johor'u yöneten Bugiler'den büyük ölçüde etkilendi.Sultan Süleyman Badrul Alam Şah'ın 18. yüzyılın ortalarındaki hükümdarlığı boyunca Bugiler, Johor'un yönetimi üzerinde önemli bir kontrole sahipti.Etkileri o kadar arttı ki, 1760'a gelindiğinde çeşitli Bugis aileleri Johor kraliyet soyundan biriyle evlendi ve hakimiyetlerini daha da sağlamlaştırdı.Onların liderliği altında Johor, Çinli tüccarların entegrasyonuyla desteklenen ekonomik büyüme yaşadı.Ancak 18. yüzyılın sonlarında Temenggong grubundan Engkau Muda, Temenggong Abdul Rahman ve onun soyundan gelenlerin rehberliğinde saltanatın gelecekteki refahının temelini atarak iktidarı geri almaya başladı.