11. yüzyılın sonlarında Harezmşah hanedanı Irak'ın kontrolünü ele geçirdi.Türk laik yönetimi ve Abbasi halifeliğinin bu dönemi, 13. yüzyıldaki Moğol istilalarıyla sona erdi.^[51] Cengiz Han liderliğindeki Moğollar, 1221 yılında Harezmiye'yi fethetmişlerdi. Ancak, Cengiz Han'ın 1227'deki ölümü ve ardından Moğol İmparatorluğu içindeki güç mücadeleleri nedeniyle Irak, geçici bir rahatlama yaşadı.Möngke Han, 1251'den itibaren Moğol yayılmacılığını yeniden alevlendirdi ve Halife el-Mustasim Moğol taleplerini reddettiğinde Bağdat, 1258'de Hülagu Han liderliğindeki bir kuşatmayla karşı karşıya kaldı.Moğol fetihlerinde çok önemli bir olay olan Bağdat Kuşatması, 29 Ocak'tan 10 Şubat 1258'e kadar 13 gün sürdü. İlhanlı Moğol kuvvetleri, müttefikleriyle birlikte, o dönemde Abbasi Halifeliği'nin başkenti olan Bağdat'ı kuşattı, ele geçirdi ve sonunda yağmaladı. .Bu kuşatma, şehir sakinlerinin çoğunun, potansiyel olarak yüz binlerce kişinin katledilmesiyle sonuçlandı.Kentin kütüphanelerinin ve içindeki değerli içeriklerin ne ölçüde tahrip edildiği tarihçiler arasında tartışma konusu olmaya devam ediyor.Moğol güçleri Al-Musta'sim'i idam etti ve Bağdat'ta ciddi bir nüfus azalması ve yıkıma neden oldu.Bu kuşatma sembolik olarak halifelerin hakimiyetlerini İber Yarımadası'ndan Sindh'e kadar genişlettiği İslam Altın Çağı'nın sonunu işaret ediyordu.