Görünüşte Osmanlı Babıali'ni desteklemek veMemlükleri bastırmak için yapılan Fransız seferine Napolyon Bonapart önderlik etti.Bonaparte'ın İskenderiye'deki bildirisi, Memlüklerin bu niteliklerden yoksun olduğu iddiasının aksine, eşitlik, liyakat ve İslam'a saygıyı vurguluyordu.İdari görevler için tüm Mısırlılara açık erişim sözü verdi ve Fransızların İslam'a bağlılığını göstermek için papalık otoritesinin devrilmesini önerdi.^[102]Ancak Mısırlılar Fransızların niyetlerine şüpheyle yaklaştılar.Murad Bey ve İbrahim Bey kuvvetlerinin mağlup edildiği Embabeh Muharebesi'nde (Piramitler Muharebesi) Fransa'nın zaferinden sonra, Kahire'de şeyhler, Memlükler ve Fransız üyelerden oluşan ve esas olarak Fransız kararnamelerinin uygulanmasına hizmet eden bir belediye meclisi oluşturuldu.^[102]Filolarının Nil Savaşı'ndaki yenilgisi ve Yukarı Mısır'daki başarısızlığının ardından Fransızların yenilmezliği sorgulandı.Konut vergisinin getirilmesiyle gerginlikler tırmandı ve Ekim 1798'de Kahire'de bir ayaklanmaya yol açtı. Fransız General Dupuy öldürüldü, ancak Bonaparte ve General Kléber ayaklanmayı hızla bastırdı.Fransızların El Ezher Camii'ni ahır olarak kullanması derin tepkiye neden oldu.^[102]Bonaparte'ın 1799'daki Suriye seferi, Mısır'daki Fransız kontrolünü geçici olarak zayıflattı.Dönüşünde Murad Bey ve İbrahim Bey'in ortak saldırısını bozguna uğrattı ve daha sonra Aboukir'de bir Türk ordusunu yenilgiye uğrattı.Bonaparte daha sonra Mısır'dan ayrıldı ve Kléber'i halefi olarak atadı.^[Kléber] istikrarsız bir durumla karşı karşıyaydı.Fransızların tahliyesine ilişkin ilk anlaşmaların İngilizler tarafından engellenmesinin ardından Kahire'de isyanlar yaşandı ve Kléber bunları bastırdı.Murad Bey'le müzakere ederek Yukarı Mısır'ın kontrolünü ona verdi, ancak Kléber Haziran 1800'de suikasta kurban gitti ^[.]General Jacques-Francois Menou, Kléber'in yerini alarak Müslümanların desteğini kazanmaya çalıştı ancak bir Fransız himayesi ilan ederek Mısırlıları yabancılaştırdı.1801'de İngiliz ve Türk kuvvetleri Abu Qir'e çıktı ve Fransızların yenilgisine yol açtı.General Belliard Mayıs'ta Kahire'yi teslim etti ve Menou Ağustos'ta İskenderiye'de teslim olarak Fransız işgaline son verdi.Fransız işgalinin kalıcı mirası, Mısır bilimi alanına önemli ölçüde katkıda bulunan, Fransız bilim adamları tarafından Mısır hakkında ayrıntılı bir çalışma ^[olan] "Description de l'Egypte" idi.^[102]