16. yüzyılın başlarında, Osmanlı'nın 1517'de Mısır'ı fethinden sonra Sultan I. Selim, Yunus Paşa'yı Mısır'a vali olarak atadı, ancak yolsuzluk sorunları nedeniyle kısa süre sonra yerine Hayır Bey getirildi.^[97] Bu dönem, Osmanlı temsilcileri ile önemli nüfuzu elinde bulunduranMemlükler arasında bir güç mücadelesine işaret ediyordu.Memlükler, Mısır'ın 12 sancağında kilit mevkileri elinde bulundurarak idari yapıya dahil edildi.Kanuni Sultan Süleyman döneminde, paşaya yardımcı olmak amacıyla ordunun ve dini otoritelerin temsiliyle Büyük Divan ve Küçük Divan kuruldu.Selim, Mısır'ın korunması için altı alay kurdu ve Süleyman da bunlara yedincisini ekledi.^[98]Osmanlı yönetimi sık sık Mısır valisini her yıl değiştiriyordu.Valilerden biri olan Hain Ahmed Paşa bağımsızlığı tesis etmeye çalıştı ancak engellendi ve idam edildi.^[98] 1527'de Mısır'da arazileri dört türe ayıran bir arazi araştırması yapıldı: padişahın mülkü, tımarlar, askeri bakım arazileri ve dini vakıf arazileri.Bu araştırma 1605 yılında yapılmıştır. ^[98]Mısır'da 17. yüzyıl, çoğunlukla birliklerin gaspını engelleme girişimleri nedeniyle askeri isyanlar ve çatışmalarla karakterize edildi.1609'da önemli bir çatışma, Kara Mehmed Paşa'nın Kahire'ye zaferle girmesine ve ardından mali reformlara yol açtı.Bu süre ^[zarfında] yerel Memluk beyleri Mısır idaresinde hakimiyet kazandılar, çoğu zaman askeri mevkilerde bulundular ve Osmanlı tarafından atanan valilere meydan okudular.^[99] Güçlü yerel bağları olan Mısır ordusu, sıklıkla valilerin atanmasını etkiliyordu ve yönetim üzerinde önemli bir kontrole sahipti.^[100]Yüzyıl aynı zamanda Mısır'da iki etkili grubun yükselişine de tanık oldu: Osmanlı süvarileriyle bağlantılı Fakari ve yerli Mısır birlikleriyle bağlantılı Kasımi.Farklı renk ve sembollerle simgelenen bu hizipler, Osmanlı Mısır'ının yönetim ve siyasetini önemli ölçüde etkilemiştir.^[101]