20 Haziran'da ilk ışıkta, Taira ordusu sessizce Byodo-in'e, yoğun sisle gizlenerek yürüdü.Minamoto aniden Taira'nın savaş narasını duydu ve kendi çığlıklarıyla cevap verdi.Bunu keşişler ve samurayların sisin içinden birbirlerine oklar atmasıyla şiddetli bir savaş izledi.Taira'nın müttefikleri Ashikaga'dan askerler nehri geçti ve saldırıyı sürdürdü.Prens Mochihito kaos içinde Nara'ya kaçmaya çalıştı ama Taira onu yakaladı ve idam etti.Byodo-in'e doğru yürüyen Nara rahipleri, Minamoto'ya yardım etmek için çok geç kaldıklarını duydular ve geri döndüler.Bu arada Minamoto Yorimasa, savaş hayranına bir ölüm şiiri yazarak ve ardından kendi karnını keserek tarihteki ilk klasik seppuku'yu yaptı.Uji'nin ilk savaşı, Genpei Savaşı'nı başlatmasıyla ünlü ve önemlidir.