Haçlılar, 1097 yılının Nisan ayı sonunda Konstantinopolis'i terk etmeye başladılar. İznik'e Bouillon'lu Godfrey geldi; Taranto'lu Bohemond, Bohemond'un yeğeni Tancred, Toulouse'lu IV. Raymond ve Flanders'lı II. Robert ve Peter'ı takip etti. Münzevi ve Halkın Haçlı Seferi'nden sağ kurtulanlardan bazıları ve Manuel Boutoumites komutasındaki küçük bir Bizans kuvveti. 6 Mayıs'ta ciddi yiyecek sıkıntısıyla geldiler, ancak Bohemond yiyeceklerin karadan ve denizden getirilmesini ayarladı. 14 Mayıs'tan itibaren şehri kuşatmaya aldılar ve güçlerini 200 kuleyle iyi savunulan surların farklı bölümlerine dağıttılar. Bohemond şehrin kuzey tarafında, Godfrey güneyde ve Le Puy'lu Raymond ve Adhemar doğu kapısında kamp kurdu.
16 Mayıs'ta Türk savunucuları haçlılara saldırmak için yola çıktı, ancakTürkler 200 kişinin kaybıyla çıkan çatışmada mağlup oldu. Türkler Kılıç Arslan'a geri dönmesi için yalvaran mesajlar göndermiş, Haçlıların gücünü anlayınca hızla geri dönmüştür. Öncü bir grup, 20 Mayıs'ta Raymond ve Flanders'lı II. Robert komutasındaki birlikler tarafından yenilgiye uğratıldı ve 21 Mayıs'ta haçlı ordusu, geceye kadar süren zorlu bir savaşta Kilij'i yendi. Her iki tarafta da kayıplar ağırdı ama sonunda padişah, İznik Türklerinin ricalarına rağmen geri çekildi. Haçlıların geri kalanı Mayıs ayının geri kalanında geldi; Robert Curthose ve Blois'li Stephen Haziran başında geldi. Bu arada Raymond ve Adhemar, madenciler kuleyi aşağıdan mayınlarken duvarlardaki savunucularla çatışmak için Gonatas Kulesi'ne sarılmış büyük bir kuşatma motoru inşa ettiler. Kule hasar gördü ancak daha fazla ilerleme kaydedilmedi.
Bizans imparatoru I. Aleksios, haçlılara eşlik etmemeyi tercih etti, ancak arkalarından ilerleyerek Pelekanon yakınlarında kamp kurdu. Oradan, o zamana kadar Türklerin İznik'e yiyecek sağlamak için kullandığı Ascanius Gölü'nü haçlıların abluka altına almasına yardım etmek için karanın üzerinden geçen tekneler gönderdi. Tekneler Manuel Boutoumites komutasında 17 Haziran'da geldi. General Tatikios da 2.000 piyade askeriyle birlikte gönderildi. Aleksios, Boutumites'e, haçlıların bilgisi olmadan şehrin teslim edilmesi konusunda gizlice müzakere yapma talimatı vermişti. Tatikios'a haçlılara katılması ve surlara doğrudan saldırı yapması talimatı verilirken, Boutoumites sanki Bizanslılar şehri savaşta ele geçirmiş gibi göstermek için aynısını yapıyormuş gibi yapacaktı. Bu yapıldı ve 19 Haziran'da Türkler Boutumites'e teslim oldu.
İznik Kuşatması 1097. © HistoryMaps
Haçlılar, Aleksios'un yaptıklarını keşfettiklerinde oldukça öfkelendiler çünkü şehri para ve erzak için yağmalamayı umuyorlardı. Ancak Boutoumites, İznik dux'u olarak adlandırıldı ve haçlıların aynı anda 10 kişiden daha büyük gruplar halinde girmesini yasakladı. Boutumites, güvenilmez olduğunu düşündüğü Türk generallerini de sınır dışı etti. Kılıç Arslan'ın ailesi Konstantinopolis'e gitti ve sonunda fidye olmadan serbest bırakıldı. Aleksios, haçlılara para, atlar ve başka hediyeler verdi, ancak Haçlılar, İznik'i kendileri ele geçirselerdi daha da fazlasına sahip olabileceklerine inandıkları için bundan memnun olmadılar. Boutumites, eğer Konstantinopolis'te henüz yapmamışlarsa, Aleksios'a vasallık yemini edene kadar onların ayrılmalarına izin vermezlerdi. Tancred, Konstantinopolis'te olduğu gibi ilk başta bunu reddetti ama sonunda pes etti.
Haçlılar 26 Haziran'da İznik'ten iki birlik halinde ayrıldılar: Öncü Bohemond, Tancred, Flanders'lı II. Robert ve Tatikios ve arkada Godfrey, Boulogne'lu Baldwin, Stephen ve Vermandois'li Hugh. Tatikios'a ele geçirilen şehirlerin imparatorluğa geri dönmesini sağlaması talimatı verildi. Moralleri çok yüksekti ve Stephen, karısı Adela'ya beş hafta içinde Kudüs'te olmayı beklediklerini yazdı.