Haçlılar, Nisan 1097'nin sonunda Konstantinopolis'i terk etmeye başladılar. İznik'e ilk varan Bouillonlu Godfrey oldu. Taranto'lu Bohemond, Bohemond'un yeğeni Tancred, Toulouse'lu IV. Münzevi ve Halk Haçlı Seferi'nden sağ kurtulanlardan bazıları ve Manuel Boutoumites komutasındaki küçük bir
Bizans kuvveti.6 Mayıs'ta ciddi şekilde yiyecek sıkıntısı çekerek geldiler, ancak Bohemond yiyeceklerin karadan ve denizden getirilmesini ayarladı.14 Mayıs'tan itibaren şehri kuşatmaya aldılar ve kuvvetlerini surların 200 kule ile iyi savunulan farklı bölümlerine yerleştirdiler.Bohemond şehrin kuzey tarafında, Godfrey güneyde ve Le Puy'lu Raymond ve Adhemar doğu kapısında kamp kurdu.16 Mayıs'ta Türk savunucuları haçlılara saldırmak için harekete geçti, ancak
Türkler bir çatışmada 200 kişi kaybederek yenildiler.Türkler, Kılıç Arslan'a geri dönmesi için yalvaran mesajlar gönderdiler ve haçlıların gücünü anlayınca hızla geri döndü.Bir ileri grup, 20 Mayıs'ta Raymond ve Flanders'lı II.Her iki tarafta da kayıplar ağırdı, ancak sonunda padişah, İznik Türklerinin ricalarına rağmen geri çekildi.Haçlıların geri kalanı, Robert Curthose ve Stephen of Blois ile Mayıs ayının geri kalanında geldi.Bu arada Raymond ve Adhemar, madenciler kuleyi aşağıdan mayınlarken savunucuları duvarlara sokmak için Gonatas Kulesi'ne yuvarlanan büyük bir kuşatma makinesi inşa ettiler.Kule hasar gördü ancak daha fazla ilerleme kaydedilmedi.Bizans imparatoru I. Aleksios, haçlılara eşlik etmemeyi seçti, ancak arkalarından yürüdü ve yakınlardaki Pelecanum'da kamp kurdu.Oradan, o zamana kadar Türkler tarafından İznik'e yiyecek sağlamak için kullanılan Ascanius Gölü'nü haçlıların ablukaya almasına yardım etmek için karada yuvarlanan tekneler gönderdi.Tekneler, Manuel Boutoumites komutasındaki 17 Haziran'da geldi.General Tatikios da 2.000 piyade ile gönderildi.Aleksios, Boutoumites'e haçlıların bilgisi olmadan şehrin teslim olması için gizlice müzakere etme talimatı vermişti.Tatikios'a haçlılara katılması ve surlara doğrudan saldırması talimatı verilirken, Boutoumites'e Bizanslılar şehri savaşta ele geçirmiş gibi görünmek için aynısını yapıyormuş gibi yapacaktı.Bu yapıldı ve 19 Haziran'da Türkler Boutoumites'e teslim oldu.Haçlılar, Aleksios'un ne yaptığını keşfettiklerinde, şehri para ve erzak için yağmalamayı umdukları için oldukça kızdılar.Ancak Boutoumites, Nicaea'nın dux'u olarak adlandırıldı ve haçlıların bir seferde 10 kişiden daha büyük gruplar halinde girmesini yasakladı.Boutoumites, güvenilmez olduğunu düşündüğü Türk generallerini de sınır dışı etti.Kılıç Arslan'ın ailesi Konstantinopolis'e gitti ve sonunda fidye olmaksızın serbest bırakıldı.Aleksios, haçlılara para, atlar ve diğer hediyeler verdi, ancak Haçlılar, İznik'i kendileri ele geçirmiş olsalardı daha fazlasına sahip olabileceklerine inandıkları için bundan memnun olmadılar.Boutoumites, Konstantinopolis'te henüz yapmamışlarsa, hepsi Aleksios'a vasallık yemini edene kadar ayrılmalarına izin vermeyecekti.Konstantinopolis'te olduğu gibi, Tankred ilk başta reddetti, ancak sonunda pes etti.Haçlılar 26 Haziran'da İznik'ten iki birlik halinde ayrıldılar: öncüde Bohemond, Tancred, Flanders'lı II. Robert ve Tatikios ve arkada Godfrey, Boulogne'lu Baldwin, Stephen ve Vermandois'li Hugh.Tatikios'a, ele geçirilen şehirlerin imparatorluğa geri dönmesini sağlaması talimatı verildi.Moralleri yüksekti ve Stephen, karısı Adela'ya beş hafta içinde Kudüs'te olmayı beklediklerini yazdı.