Nikephoros, Bizans Anadolu'sunda kötüleşen duruma çözüm bulunması için imparatora yalvardığında, 1078 yılında İmparator Mikail'le anlaşmazlığa düştü ve açık sözlülüğüyle Mikail'e hakaret etti.Kendini korumak için Nikephoros, yerli askerlerden ve Türk paralı askerlerden oluşan bir ordu topladı ve Temmuz veya Ekim 1077'de kendisini imparator ilan etti. Nikephoros, askeri zekası ve aile şöhreti nedeniyle güçlü bir destek tabanı topladı ve daha sonra 7. yüzyılda Bizans Senatosu tarafından tanındı. Ocak 1078'de Konstantinopolis vatandaşlarının yardımıyla tahtı ele geçirdi.İmparator olarak Nikephoros, Nikephoros Bryennios, Nikephoros Basilakes ve Constantine Doukas'ın isyanlarının yanı sıra Vareg Muhafızları tarafından düzenlenen suikast girişimi de dahil olmak üzere çok sayıda isyanla karşı karşıya kaldı.Nikephoros bir imparatorun süslerini benimsedi; meşruiyetini ve desteğini artırmak için ordu ve destekçileri için büyük miktarlarda bağış yapmak, ödenmemiş tüm borçları affetmek ve küçük yasal reformlar yapmak gibi birçok eylem gerçekleştirdi.Nikephoros, diplomatik olarak, Selçukluların Bizans Anadolu'suna sürekli akınları nedeniyle Bizans İmparatorluğu'ndan fiilen bağımsız hale gelen Trabzon ve Antakya valileri Theodore Gabras ve Philaretos Brachamios'un teslimiyetini sağladı.