Apulia'lı Norman Dükü Robert Guiscard, Robert'ın kızı Helena ile nişanlı olan Constantine Doukas'ın halefini savunma bahanesiyle 1081'de Bizans İmparatorluğu'nu işgal etmeye hazırlandı;aynı zamanda Selçuklular Kyzikos kasabasını da ele geçirdiler.Aleksios'a, Norman tehdidini yenmesi için önemli bir ordu emanet edildi, ancak bunun yerine akrabası John Doukas ile tahtı kendisi almak için komplo kurdu.Aleksios, Nikiforos'a karşı bir isyan çıkardı ve Konstantinopolis'i hızla kuşatmayı başardı ve bir savunma ordusunun olmaması nedeniyle onu kuşatma altına aldı.Nikeophoros ne Selçuklu Türklerinin ne de geleneksel rakipleri Nikephoros Melissenos'un desteğini alamadı ve bu nedenle tahttan çekilmek zorunda kaldı.Nikiforos, tek seçeneğinin Anadolu'da Damalis'te yakınlarda bulunan Melissenos lehine tahttan çekilmek olduğuna karar verdi ve ona İstanbul Boğazı'ndan ulaklar gönderdi;ancak bu haberciler, Aleksios'un bir generali olan George Palaiologos tarafından yakalandı ve onları Aleksios'u desteklemeye ikna etti.Aleksios ve kuvvetleri 1 Nisan 1081'de Konstantinopolis'in surlarını aştılar ve şehri yağmaladılar;Patrik Cosmas, Nikiforos'u iç savaşı uzatmaktansa Aleksios'a tahttan çekilmeye ikna etti.Nikiforos daha sonra Ayasofya'ya kaçtı ve içinde sığınak aradı.Aleksios'un logothete'si Mihail daha sonra Nikiforos'a Peribleptus Manastırı'na kadar eşlik etti ve burada tahttan feragat etti ve bir keşiş oldu.O yıl daha sonra öldü.