Sharpsburg kasabası yakınlarında Lee, 15 Eylül'den itibaren mevcut kuvvetlerini Antietam Deresi'nin arkasına alçak bir sırt boyunca konuşlandırdı. Etkili bir savunma pozisyonu olmasına rağmen, zaptedilemez bir pozisyon değildi.Arazi, parmaklıklar ve taş çitler, kireçtaşı çıkıntıları, küçük oyuklar ve hendeklerle piyadeler için mükemmel bir koruma sağlıyordu.Önlerine giden dere, genişliği 60 ila 100 fit (18–30 m) arasında değişen, yalnızca küçük bir engeldi ve yer yer geçilebilirdi ve her biri bir mil (1,5 km) aralıklarla üç taş köprü ile geçildi.Aynı zamanda tehlikeli bir konumdu çünkü Konfederasyon arka tarafı Potomac Nehri tarafından bloke edilmişti ve geri çekilmek gerekirse yakınlarda yalnızca tek bir geçiş noktası, Shepherdstown'daki Boteler's Ford vardı.(Maryland, Williamsport'taki geçit, Sharpsburg'un 10 mil (16 km) kuzeybatısındaydı ve Jackson tarafından Harpers Ferry'e yürüyüşünde kullanılmıştı. Savaş sırasında Birlik kuvvetlerinin düzeni, o yönde geri çekilmeyi pratik hale getirdi.) Ve 15 Eylül'de, Lee'nin acil komutası altındaki kuvvet, Federal ordunun yalnızca üçte biri büyüklüğünde, 18.000'den fazla kişiden oluşmuyordu.^[7]İlk iki Birlik tümeni 15 Eylül öğleden sonra ve ordunun geri kalanının büyük kısmı o akşam geç saatlerde geldi.16 Eylül sabahı ani bir Birlik saldırısı sayı olarak ezici bir avantaja sahip olsa da, McClellan'ın alamet-i farikası ihtiyatlılığı ve Lee'nin Sharpsburg'da 100.000 kadar adamı olduğuna olan inancı, saldırısını bir gün ertelemesine neden oldu.^[Bu] , Konfederasyonlara savunma pozisyonlarını hazırlamaları için daha fazla zaman verdi ve Longstreet'in birliklerinin Hagerstown'dan ve Jackson'ın kolordu eksi AP Hill'in tümeni Harpers Ferry'den gelmesine izin verdi.Jackson, Potomac'a demirlemiş sol (kuzey) kanadı, Longstreet sağ (güney) kanadı, yaklaşık 4 mil (6 km) uzunluğundaki bir hat olan Antietam'a demirlemiş olarak savundu.(Savaş ilerledikçe ve Lee birimleri değiştirdikçe, bu kolordu sınırları önemli ölçüde örtüştü.) ^[9]16 Eylül akşamı McClellan, Hooker'ın I. Kolordusu'na Antietam Deresi'ni geçmesini ve düşman mevzilerini araştırmasını emretti.Meade'nin tümeni, Hood'un East Woods yakınlarındaki birliklerine ihtiyatlı bir şekilde saldırdı.Karanlık çöktükten sonra, McClellan birliklerini ertesi günkü çatışmalar için konumlandırırken topçu ateşi devam etti.McClellan'ın planı, düşmanın sol kanadını alt etmekti.Antietam üzerinde köprülerin yapılması nedeniyle bu karara vardı.Kısa süre sonra Burnside Köprüsü olarak adlandırılacak olan alt köprüye, ona bakan kayalıklarda Konfederasyon pozisyonları hakim oldu.Boonsboro yolundaki orta köprü, Sharpsburg yakınlarındaki tepelerden topçu ateşine maruz kaldı.Ancak üst köprü, Konfederasyon toplarının 2 mil (3 km) doğusundaydı ve güvenle geçilebilirdi.McClellan, üçte biri ve gerekirse dördüncü tarafından desteklenen iki kolordu ile başlayarak ordusunun yarısından fazlasını saldırıya göndermeyi planladı.Beşinci bir kolordu ile Konfederasyon hakkına eşzamanlı bir şaşırtma saldırısı başlatmayı planladı ve saldırılardan herhangi biri başarılı olursa yedekleriyle merkeze saldırmaya hazırdı.^[10] East Woods'taki çatışma, McClellan'ın niyetini, savunmasını buna göre hazırlayan Lee'ye işaret etmeye hizmet etti.Adamlarını sol kanadına kaydırdı ve henüz savaş alanına gelmemiş iki komutanına acil mesajlar gönderdi: iki tümenle Lafayette McLaws ve bir tümenle AP Hill.^[11]