Çatışma 17:30'da sona erdi. 18 Eylül sabahı Lee'nin ordusu, hiç gelmeyen bir Federal saldırıya karşı savunmaya hazırlandı.Her iki tarafın da yaralarını iyileştirmesi ve değiştirmesi için doğaçlama bir ateşkesin ardından, Lee'nin güçleri o akşam Virginia'ya dönmek için Potomac boyunca çekilmeye başladı.Savaştan kaynaklanan kayıplar her iki taraf için de ağırdı.Birlik, 2.108 ölü ile 12.410 zayiat verdi.^[42] Konfederasyon zayiatı 10.316 ve 1.547 ölü idi.Bu, Federal gücün% 25'ini ve Konfederasyonların% 31'ini temsil ediyordu.Genel olarak, her iki taraf da tek bir günde toplam 22.726 kayıp verdi, bu, beş ay önce 2 günlük Shiloh Muharebesi'nde ülkeyi şok eden kayıpların sayısıyla neredeyse aynı miktarda.17 Eylül 1862'deki çatışmada 7.650 Amerikan askeri öldü.^[43] 17 Eylül 1862'de, ülke tarihindeki diğer tüm günlerden daha fazla Amerikalı savaşta öldü.Antietam bazen tüm Amerikan tarihindeki en kanlı gün olarak anılır.Antietam, Gettysburg, Chickamauga, Chancellorsville ve Spotsylvania Adliye Binası'nın gerisinde kalan İç Savaş savaşlarındaki toplam zayiat açısından beşinci sırada yer alıyor.