Ang digmaang sibil sa pagitan ng Lê-Trịnh at Mạc dynasties ay natapos noong 1592, nang sakupin ng hukbo ng Trịnh Tùng ang Hanoi at pinatay ang haring Mạc Mậu Hợp.Ang mga nakaligtas sa maharlikang pamilya ng Mạc ay tumakas patungo sa hilagang kabundukan sa lalawigan ng Cao Bằng at nagpatuloy sa paghahari doon hanggang 1677 nang sakupin ng Trịnh Tạc ang huling teritoryong ito ng Mạc.Ang mga Lê monarka, mula nang ibalik si Nguyễn Kim, ay kumilos lamang bilang mga figurehead.Matapos ang pagbagsak ng dinastiyang Mạc, lahat ng tunay na kapangyarihan sa hilaga ay pagmamay-ari ng mga panginoon ng Trịnh.Samantala, atubiling nagpasya ang hukuman ng Ming sa interbensyon ng militar sa digmaang sibil ng Vietnam, ngunit nag-alok si Mạc Đăng Dung ng ritwal na pagsumite sa Ming Empire , na tinanggap.Noong taong 1600, idineklara din ni Nguyễn Hoàng ang kanyang sarili na Panginoon (opisyal na "Vương") at tumanggi na magpadala ng mas maraming pera o mga sundalo para tumulong sa Trịnh.Inilipat din niya ang kanyang kabisera sa Phú Xuân, modernong Huế.Si Trịnh Tráng ang humalili kay Trịnh Tùng, ang kanyang ama, sa kanyang kamatayan noong 1623. Inutusan ni Tráng si Nguyễn Phúc Nguyên na magpasakop sa kanyang awtoridad.Dalawang beses tinanggihan ang utos.Noong 1627, nagpadala si Trịnh Tráng ng 150,000 tropa sa timog sa isang hindi matagumpay na kampanyang militar.Ang Trịnh ay mas malakas, na may mas malaking populasyon, ekonomiya at hukbo, ngunit hindi nila nagawang talunin ang Nguyễn, na nagtayo ng dalawang depensibong pader na bato at namuhunan sa artilerya ng Portuges.Ang Digmaang Trịnh–Nguyễn ay tumagal mula 1627 hanggang 1672. Ang hukbo ng Trịnh ay nagsagawa ng hindi bababa sa pitong opensiba, na lahat ay nabigo upang makuha ang Phú Xuân.Sa loob ng ilang panahon, simula noong 1651, ang mga Nguyễn mismo ay nagpunta sa opensiba at inatake ang mga bahagi ng teritoryo ng Trịnh.Gayunpaman, ang Trịnh, sa ilalim ng isang bagong pinuno, si Trịnh Tạc, ay pinilit ang Nguyễn pabalik noong 1655. Pagkatapos ng isang huling opensiba noong 1672, ang Trịnh Tạc ay sumang-ayon sa isang tigil-tigilan sa Nguyễn Lord Nguyễn Phúc Tần.Ang bansa ay epektibong nahati sa dalawa.Ang Digmaang Trịnh–Nguyễn ay nagbigay ng pagkakataon sa mga mangangalakal sa Europa na suportahan ang bawat panig gamit ang mga sandata at teknolohiya: tinulungan ng Portuges ang Nguyễn sa Timog habang tinulungan ng Dutch ang Trịnh sa Hilaga.Ang Trịnh at ang Nguyễn ay nagpapanatili ng kamag-anak na kapayapaan sa susunod na daang taon, kung saan ang magkabilang panig ay gumawa ng makabuluhang mga nagawa.Ang Trịnh ay lumikha ng mga sentralisadong tanggapan ng pamahalaan na namamahala sa badyet ng estado at paggawa ng pera, pinag-isa ang mga yunit ng timbang sa isang decimal system, nagtatag ng mga tindahan ng pag-iimprenta upang mabawasan ang pangangailangang mag-import ng mga naka-print na materyales mula sa China, nagbukas ng akademya ng militar, at nag-compile ng mga aklat ng kasaysayan.Samantala, ipinagpatuloy ng mga panginoong Nguyễn ang pagpapalawak sa timog sa pamamagitan ng pananakop sa natitirang lupain ng Cham.Dumating din ang mga Việt settler sa lugar na kakaunti ang populasyon na kilala bilang "Water Chenla", na siyang mas mababang bahagi ng Mekong Delta ng dating Khmer Empire .Sa pagitan ng kalagitnaan ng ika-17 siglo hanggang kalagitnaan ng ika-18 siglo, habang ang dating Khmer Empire ay humina dahil sa panloob na alitan at mga pagsalakay ng Siamese , ang mga Nguyễn Lords ay gumamit ng iba't ibang paraan, kasal sa pulitika, diplomatikong presyon, pabor sa pulitika at militar, upang makuha ang lugar sa paligid ng kasalukuyan. -araw na Saigon at ang Mekong Delta.Ang hukbo ng Nguyễn kung minsan ay nakipagsagupaan din sa hukbong Siamese upang magtatag ng impluwensya sa dating Imperyong Khmer.