Noong 1947, lumitaw ang Pakistan bilang isang bagong bansa kasama si Liaquat Ali Khan bilang unang Punong Ministro nito at si Muhammad Ali Jinnah bilang Gobernador-Heneral at Speaker ng Parliament.Si Jinnah, na tinatanggihan ang alok ni Lord Mountbatten na maging Gobernador-Heneral para sa parehong India at Pakistan, ay namuno sa bansa hanggang sa kanyang kamatayan noong 1948. Sa ilalim ng kanyang pamumuno, ang Pakistan ay gumawa ng mga hakbang tungo sa pagiging isang Islamic state, lalo na sa pagpapakilala ng Objectives Resolution ng Punong Ministro. Khan noong 1949, na nagbibigay-diin sa soberanya ng Allah.Ipinahayag ng Resolusyon ng Mga Layunin na ang soberanya sa buong sansinukob ay kay Allah na Makapangyarihan.^[5]Ang mga unang taon ng Pakistan ay nakakita rin ng makabuluhang paglipat mula sa India, partikular na sa Karachi, ^[6] ang unang kabisera.Upang palakasin ang imprastraktura sa pananalapi ng Pakistan, ipinatupad ng kanyang Kalihim ng Pananalapi na si Victor Turner ang unang patakaran sa pananalapi ng bansa.Kabilang dito ang pagtatatag ng mga pangunahing institusyon tulad ng State Bank, Federal Bureau of Statistics, at Federal Board of Revenue, na naglalayong pahusayin ang mga kakayahan ng bansa sa pananalapi, pagbubuwis, at pagkolekta ng kita.^[7] Gayunpaman, nakatagpo ang Pakistan ng mga makabuluhang isyu sa India.Noong Abril 1948, pinutol ng India ang suplay ng tubig sa Pakistan mula sa dalawang kanal sa Punjab, na nagpalala ng tensyon sa pagitan ng dalawang bansa.Bukod pa rito, una nang itinago ng India ang bahagi ng mga asset at pondo ng Pakistan mula sa United India.Ang mga ari-arian na ito sa kalaunan ay inilabas sa ilalim ng presyon mula kay Mahatma Gandhi.^[8] Ang mga problema sa teritoryo ay lumitaw sa kalapit na Afghanistan sa hangganan ng Pakistan–Afghanistan noong 1949, at kasama ng India sa Linya ng Kontrol sa Kashmir.^[9]Humingi rin ang bansa ng internasyonal na pagkilala, kung saan ang Iran ang unang nakilala ito, ngunit nahaharap sa paunang pag-aatubili mula sa Unyong Sobyet at Israel .Aktibong itinuloy ng Pakistan ang pamumuno sa loob ng mundo ng Muslim, na naglalayong magkaisa ang mga bansang Muslim.Ang ambisyong ito, gayunpaman, ay nahaharap sa pag-aalinlangan sa buong mundo at sa ilang mga bansang Arabo.Sinuportahan din ng Pakistan ang iba't ibang kilusan para sa kalayaan sa mundo ng Muslim.Sa loob ng bansa, ang patakaran sa wika ay naging isang pinagtatalunang isyu, kung saan idineklara ni Jinnah ang Urdu bilang wika ng estado, na humantong sa mga tensyon sa East Bengal.Kasunod ng pagkamatay ni Jinnah noong 1948, si Sir Khawaja Nazimuddin ay naging Gobernador-Heneral, na nagpatuloy sa mga pagsisikap sa pagbuo ng bansa sa mga taon ng pagbuo ng Pakistan.