Ang pagsiklab ng digmaan sa Pasipiko noong Disyembre 1941 ay natagpuan ang mga British sa Malaya na ganap na hindi handa.Sa panahon ng 1930s, inaasahan ang tumataas na banta ng Japanese naval power, nagtayo sila ng isang mahusay na base ng hukbong-dagat sa Singapore , ngunit hindi inaasahan ang pagsalakay sa Malaya mula sa hilaga.Halos walang kapasidad ng hangin ng British sa Malayong Silangan.Kaya naman angmga Hapones ay nakapag-atake mula sa kanilang mga base sa French Indo-China nang walang parusa, at sa kabila ng pagtutol ng mga pwersang British, Australian, atIndian , nasakop nila ang Malaya sa loob ng dalawang buwan.Ang Singapore, na walang panlaban sa lupa, walang takip sa hangin, at walang suplay ng tubig, ay napilitang sumuko noong Pebrero 1942. Sinakop din ng British North Borneo at Brunei.Itinuring ng kolonyal na pamahalaan ng Hapon ang mga Malay mula sa pan-Asian na pananaw, at pinalalakas ang limitadong anyo ng nasyonalismong Malay.Ang nasyonalistang Malay na si Kesatuan Melayu Muda, mga tagapagtaguyod ng Melayu Raya, ay nakipagtulungan sa mga Hapon, batay sa pag-unawa na pagsasamahin ng Japan ang Dutch East Indies, Malaya at Borneo at bibigyan sila ng kalayaan.^[80] Itinuring ng mga mananakop angmga Intsik , gayunpaman, bilang mga dayuhan ng kaaway, at tinatrato sila nang may matinding kalupitan: sa panahon ng tinatawag na sook ching (pagdalisay sa pamamagitan ng pagdurusa), umabot sa 80,000 Chinese sa Malaya at Singapore ang napatay.Ang mga Tsino, na pinamumunuan ng Malayan Communist Party (MCP), ay naging gulugod ng Malayan Peoples' Anti-Japanese Army (MPAJA).Sa tulong ng Britanya, ang MPAJA ang naging pinakamabisang puwersa ng paglaban sa mga sinasakop na bansa sa Asya.Bagama't nangatuwiran ang mga Hapones na sinusuportahan nila ang nasyonalismong Malay, sinaktan nila ang nasyonalismo ng Malay sa pamamagitan ng pagpayag sa kanilang kaalyado na Thailand na muling isama ang apat na hilagang estado, Kedah, Perlis, Kelantan, at Terengganu na inilipat sa British Malaya noong 1909. Ang pagkawala ng Malaya's Ang mga pamilihang pang-export sa lalong madaling panahon ay nagbunga ng malawakang kawalan ng trabaho na nakaapekto sa lahat ng lahi at lalong naging hindi popular ang mga Hapones.^[81]