การขนส่งได้แล่นกลับไปฝรั่งเศสแล้ว แต่กองเรือรบยังคงอยู่และสนับสนุนกองทัพตามแนวชายฝั่งกองเรืออังกฤษภายใต้การบังคับบัญชาของฮอเรโช เนลสันค้นหากองเรือฝรั่งเศสอย่างไร้ประโยชน์มาหลายสัปดาห์แล้วกองเรืออังกฤษไม่พบทันเวลาที่จะป้องกันการยกพลขึ้นบกใน
อียิปต์ แต่ในวันที่ 1 สิงหาคม เนลสันค้นพบเรือรบฝรั่งเศสที่ทอดสมออยู่ในตำแหน่งป้องกันที่แข็งแกร่งในอ่าวอาบูกีร์ชาวฝรั่งเศสเชื่อว่าเปิดให้โจมตีได้เพียงด้านเดียว ส่วนอีกด้านได้รับการปกป้องจากชายฝั่งระหว่างยุทธการที่แม่น้ำไนล์ กองเรืออังกฤษที่มาถึงภายใต้การนำของโฮราชิโอ เนลสัน สามารถส่งเรือได้ครึ่งหนึ่งระหว่างทางบกกับแนวรบฝรั่งเศส จึงเป็นการโจมตีจากทั้งสองฝ่ายในเวลาไม่กี่ชั่วโมง เรือฝรั่งเศส 11 ลำจาก 13 ลำในแนวรบและเรือฟริเกตฝรั่งเศส 2 ลำจาก 4 ลำถูกยึดหรือทำลายเรือที่เหลือทั้งสี่ลำหนีไปสิ่งนี้ทำให้เป้าหมายของโบนาปาร์ตต้องผิดหวังในการเสริมสร้างจุดยืนของฝรั่งเศสในทะเลเมดิเตอร์เรเนียน และกลับทำให้ฝรั่งเศสอยู่ภายใต้การควบคุมของอังกฤษโดยสิ้นเชิง