Kuna ushahidi wa wafanyabiashara Waarabu Waislamu kuingia Indonesia mapema kama karne ya 8.^{[19] [20]} Hata hivyo, haikuwa hadi mwisho wa karne ya 13 ambapo kuenea kwa Uislamu kulianza.^[19] Mwanzoni, Uislamu uliletwa kupitia wafanyabiashara Waislam Waarabu, na kisha shughuli ya umishonari na wasomi.Ilisaidiwa zaidi na kupitishwa na watawala wa ndani na uongofu wa wasomi.^[20] Wamisionari walitoka katika nchi na maeneo kadhaa, mwanzoni kutoka Asia ya Kusini (yaani Gujarat) na Asia ya Kusini-Mashariki (yaani Champa), ^[21] na baadaye kutoka Rasi ya Uarabuni ya kusini (yaani Hadhramaut).^[20]Katika karne ya 13, siasa za Kiislamu zilianza kuibuka kwenye pwani ya kaskazini ya Sumatra.Marco Polo, akiwa njiani kurudi nyumbani kutokaChina mwaka 1292, aliripoti angalau mji mmoja wa Kiislamu.^[22] Ushahidi wa kwanza wa nasaba ya Kiislamu ni jiwe la kaburi, la tarehe CE 1297, la Sultan Malik al Saleh, mtawala wa kwanza wa Kiislamu wa Samudera Pasai Sultanate.Kufikia mwisho wa karne ya 13, Uislamu ulikuwa umeanzishwa katika Sumatra ya Kaskazini.Kufikia karne ya 14, Uislamu ulikuwa umeanzishwa kaskazini-mashariki mwa Malaya, Brunei, kusini-magharibi mwa Ufilipino , na kati ya mahakama fulani za pwani ya Mashariki na Kati ya Java, na kufikia karne ya 15, huko Malacca na maeneo mengine ya Rasi ya Malay.^[23] Karne ya 15 iliona kupungua kwa Dola ya Kihindu ya Majapahit ya Kijava, kwani wafanyabiashara Waislamu kutoka Arabia,India , Sumatra na Rasi ya Malay, na pia Uchina ilianza kutawala biashara ya kikanda ambayo hapo awali ilidhibitiwa na wafanyabiashara wa Javanese Majapahit.Nasaba ya Ming ya Uchina ilitoa msaada wa kimfumo kwa Malacca.Safari za Ming Kichina Zheng He (1405 hadi 1433) zinajulikana kwa kuunda makazi ya Waislamu wa China huko Palembang na pwani ya kaskazini ya Java.^[24] Malacca ilihimiza kwa bidii kugeuzwa kuwa Uislamu katika eneo hilo, huku meli za Ming zilianzisha kikamilifu jumuiya ya Waislamu wa China-Malay kaskazini mwa pwani ya Java, na hivyo kujenga upinzani wa kudumu kwa Wahindu wa Java.Kufikia 1430, misafara hiyo ilikuwa imeanzisha jumuiya za Kiislamu za Wachina, Waarabu na Wamalai katika bandari za kaskazini za Java kama vile Semarang, Demak, Tuban, na Ampel;hivyo, Uislamu ulianza kupata nafasi katika pwani ya kaskazini ya Java.Malacca ilifanikiwa chini ya ulinzi wa Ming wa Uchina, huku Majapahit wakirudishwa nyuma kwa kasi.^[25] Falme kuu za Kiislamu wakati huu zilijumuisha Samudera Pasai kaskazini mwa Sumatra, Sultanate ya Malacca mashariki mwa Sumatra, Demak Sultanate katikati mwa Java, Gowa Sultanate kusini mwa Sulawesi, na masultani wa Ternate na Tidore katika Visiwa vya Maluku upande wa mashariki.