Fitna ya Kwanza, vita vikuu vya mapema vya Kiislamu vya wenyewe kwa wenyewe, vilisababisha mabadiliko makubwa katika utawala wa Misri.Katika kipindi hiki, Khalifa Ali alimteua Muhammad ibn Abi Bakr kama gavana wa Misri.Hata hivyo, Amr ibn al-As, akiwaunga mkono Bani Umayya , alimshinda Ibn Abi Bakr mwaka 658 na kutawala Misri hadi kifo chake mwaka 664. Chini ya Bani Umayya, wafuasi wa Umayyad kama Maslama ibn Mukhallad al-Ansari waliendelea kutawala Misri hadi Fitna ya Pili. .Wakati wa mzozo huu, utawala wa Zubayrid unaoungwa mkono na Khariji, ambao haukupendwa na Waarabu wenyeji, ulianzishwa.Khalifa wa Umayyad Marwan I aliivamia Misri mwaka 684, na kurejesha udhibiti wa Umayyad na kumteua mwanawe, Abd al-Aziz, kama gavana, ambaye alitawala kwa ufanisi kama makamu kwa miaka 20.^[82]Chini ya Bani Umayya, magavana kama Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi na Ayyub ibn Sharhabil, waliochaguliwa kutoka kwa wasomi wa kijeshi wa eneo hilo (jund), walitekeleza sera ambazo ziliongeza shinikizo kwa Wakopti na kuanzisha Uislamu.^[83] Hii ilisababisha maasi kadhaa ya Coptic kutokana na kuongezeka kwa ushuru, maarufu zaidi kuwa katika 725. Kiarabu kikawa lugha rasmi ya serikali mnamo 706, na kuchangia kuundwa kwa Kiarabu cha Kimisri.Kipindi cha Umayyad kilimalizika kwa maasi zaidi mwaka 739 na 750.Katika kipindi cha Abbasid , Misri ilipata ushuru mpya na maasi zaidi ya Coptic.Uamuzi wa Khalifa al-Mu'tasim mwaka 834 wa kuweka mamlaka na udhibiti wa fedha kati ulisababisha mabadiliko makubwa, ikiwa ni pamoja na kubadilisha askari wa ndani wa Kiarabu na askari wa Kituruki.Karne ya 9 ilishuhudia idadi ya Waislamu wakiwazidi Wakristo wa Coptic , huku michakato ya Uarabuni na Uislamu ikiongezeka."Machafuko huko Samarra" katika kitovu cha Abbasid iliwezesha kuibuka kwa vuguvugu la mapinduzi la Alid nchini Misri.^[84]Kipindi cha Tulunid kilianza mwaka 868 wakati Ahmad ibn Tulun alipoteuliwa kuwa gavana, kuashiria mabadiliko kuelekea uhuru wa kisiasa wa Misri.Licha ya mapambano ya ndani ya mamlaka, Ibn Tulun alianzisha utawala huru, akikusanya utajiri mkubwa na kupanua ushawishi kwa Levant.Warithi wake, hata hivyo, walikabiliana na mizozo ya ndani na vitisho vya nje, na kusababisha ushindi wa Abbasid wa Misri mwaka 905. ^[85]Misri ya baada ya Tulunid iliona kuendelea kwa migogoro na kuongezeka kwa watu wenye ushawishi mkubwa kama kamanda wa Kituruki Muhammad ibn Tughj al-Ikhshid.Kifo chake mnamo 946 kilisababisha urithi wa amani wa mwanawe Unujur na utawala uliofuata wa Kafur.Walakini, ushindi wa Fatimid mnamo 969 ulimaliza kipindi hiki, na kuanzisha enzi mpya ya historia ya Wamisri.^[86]