En period av styre under Svenska Huset Vasa började i Samväldet år 1587. De två första kungarna från denna dynasti, Sigismund III (r. 1587–1632) och Władysław IV (r. 1632–1648), försökte upprepade gånger att intriger för tillträde till Sveriges tron, vilket var en ständig källa till distraktion för Samväldets angelägenheter.Vid den tiden inledde den katolska kyrkan en ideologisk motoffensiv och motreformationen gjorde anspråk på många konvertiter från polska och litauiska protestantiska kretsar.År 1596 splittrade Union of Brest de östliga kristna i samväldet för att skapa Uniate Church of the Eastern Rite, men underställd påvens auktoritet.Zebrzydowski-upproret mot Sigismund III utspelade sig 1606–1608.Samväldet sökte överhöghet i Östeuropa och utkämpade krig med Ryssland mellan 1605 och 1618 i kölvattnet av Rysslands tid av problem;serien av konflikter kallas det polsk-muskovitiska kriget eller dymitriaderna.Ansträngningarna resulterade i utvidgning av det polsk-litauiska samväldets östra territorier, men målet att ta över den ryska tronen för den polska härskande dynastin uppnåddes inte.Sverige sökte överhöghet i Östersjön under de polsk-svenska krigen 1617–1629, och det osmanska riket pressade söderifrån i striderna vid Cecora 1620 och Khotyn 1621. Jordbrukets expansion och livegenskapspolitiken i polska Ukraina resulterade i en serie av kosackuppror .Allierade med den habsburgska monarkin deltog samväldet inte direkt itrettioåriga kriget. Władysławs IV regeringstid var mestadels fredlig, med en rysk invasion i form av Smolenskkriget 1632–1634 som framgångsrikt slogs tillbaka.Den ortodoxa kyrkans hierarki, förbjuden i Polen efter unionen av Brest, återupprättades 1635.