Krigsutbrottet i Stilla havet i december 1941 fann britterna i Malaya helt oförberedda.Under 1930-talet, i förväg om det ökande hotet från japansk sjömakt, hade de byggt en stor flottbas i Singapore , men aldrig förutsett en invasion av Malaya från norr.Det fanns praktiskt taget ingen brittisk flygkapacitet i Fjärran Östern.Japanerna kunde alltså ostraffat attackera från sina baser i franska Indokina, och trots motstånd från brittiska, australiensiska ochindiska styrkor övervann de Malaya på två månader.Singapore, utan landförsvar, inget luftskydd och ingen vattenförsörjning, tvingades kapitulera i februari 1942. Brittiska norra Borneo och Brunei ockuperades också.Den japanska kolonialregeringen betraktade malayserna ur en panasiatisk synvinkel och främjade en begränsad form av malaysisk nationalism.Den malaysiska nationalisten Kesatuan Melayu Muda, förespråkare för Melayu Raya, samarbetade med japanerna, baserat på förståelsen att Japan skulle förena Nederländska Ostindien, Malaya och Borneo och ge dem självständighet.^[80] Ockupanterna betraktade dockkineserna som fientliga utomjordingar och behandlade dem med stor hårdhet: under den så kallade sook ching (rening genom lidande) dödades upp till 80 000 kineser i Malaya och Singapore.Kineserna, ledda av det malaysiska kommunistpartiet (MCP), blev ryggraden i den malaysiska folkets antijapanska armé (MPAJA).Med brittisk hjälp blev MPAJA den mest effektiva motståndsstyrkan i de ockuperade asiatiska länderna.Även om japanerna hävdade att de stödde malaysisk nationalism, kränkte de malaysisk nationalism genom att tillåta deras allierade Thailand att åter annektera de fyra nordliga staterna Kedah, Perlis, Kelantan och Terengganu som hade överförts till brittiska malaya 1909. Förlusten av Malayas exportmarknaderna skapade snart massarbetslöshet som drabbade alla raser och gjorde japanerna allt mer impopulära.^[81]